Análisis de las variantes genéticas y epigenéticas en tumores gastrointestinales

Abstract

El cáncer colorrectal (CCR) es una de las neoplasias más frecuentes a nivel mundial, ubicándose como la segunda neoplasia más frecuente en mujeres y la tercera en hombres. La formación de un tumor es consecuencia de la acumulación de múltiples alteraciones tanto a nivel genético como epigenético. La mayoría son esporádicos y son consecuencia de variantes a nivel tumoral, mientras que las variantes a nivel germinal producen los diferentes síndromes de CCR hereditario. En este trabajo nos enfocamos en el análisis de variantes en genes relacionados con procesos tumorales: genes del mecanismo de reparación de mal apareamiento (MMR), genes con patrones de metilación anómalos, y genes participantes de las vías de señalización intracelular MAPK y PI3K. Partimos de una muestra de 108 tumores de pacientes con CCR, provenientes del Banco de Tumores del Uruguay. Se realizó la secuenciación y caracterización de variantes localizadas en la región promotora del gen MLH1. Se determinó la presencia de algunas variantes ya reportadas y asociadas a CCR y de otras variantes nuevas. Se determinó la prevalencia de variantes en KRAS, NRAS y PIK3CA, y cuáles fueron las variantes más comunes en nuestra población; además se determinó la frecuencia de la mutación puntual V600E del gen BRAF en nuestra cohorte. Se realizó el estudio de metilación del gen MLH1 mediante 4 técnicas y concluimos que PCR-HRM es el método de detección más conveniente. Se determinó el estado de metilación de los genes MMR: MLH1, MSH2, PMS2, MSH6, RFC3 y EXOI y analizamos la posible presencia de deleciones/duplicaciones en las regiones promotoras de los genes MLH1, MSH2, PMS2, MSH6 y EPCAM. Observamos metilación en MLH1 (10 tumores) y en RFC3 (1 tumor); no observamos deleciones/duplicaciones en los genes analizados. Se determinó el estado de metilación de 8 marcadores del Fenotipo Metilador de islas de CpG (CIMP) (CACNA1G, CDKN2A, CRABP1, IGF2, MLH1, NEUROG1, RUNX3 y SOCS1) y se clasificaron los tumores en los fenotipos CIMP-alto, CIMP-bajo y CIMP-cero. Se analizó estado de metilación del gen de la septina 9 (SEPT9). Nuestros resultados indicaron que habría que analizar otra región del promotor, ya que nuestro análisis concluye que no sería un buen biomarcador de CCR. Los datos demográficos e histopatológicos de las 108 muestras permitieron analizar las asociaciones estadísticas más relevantes: - Respecto a KRAS mutado, no se encontró ningún tipo de asociación significativa. Observamos una tendencia hacia pacientes de sexo masculino, mayores de 50 años, tumores con inestabilidad de microsatélites (MSI) bajo/estable, ubicación en colon distal y tumores moderadamente diferenciados. - BRAFV600E se asoció con tumores MSI-alto, mujeres mayores de 60 años, tumores localizados en el colon proximal, y es excluyente con variantes en el gen KRAS. - No se encontraron variantes en los genes NRAS y PIK3CA por lo que no pudieron realizar asociaciones con estos genes. - MLH1 metilado se asoció con tumores MSI-alto, con ubicación proximal y con la variante BRAFV600E. No encontramos asociación significativa con el género o edad, ni con los distintos estadíos tumorales. - Observamos asociación significativa entre los fenotipos CIMP-bajo y CIMP-cero con KRAS mutado. Por otra parte, encontramos asociación entre el fenotipo CIMP-alto con tumores moderadamente diferenciados, ubicación proximal, tumores MSI-alto, MLH1 metilado y la variante BRAFV600E.