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https://hdl.handle.net/20.500.12008/41288
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Campo DC | Valor | Lengua/Idioma |
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dc.contributor.author | Ruatta, Santiago M. | - |
dc.contributor.author | Prada Gori, Denis N. | - |
dc.contributor.author | Fló Díaz, Martín | - |
dc.contributor.author | Lorenzelli, Franca | - |
dc.contributor.author | Perelmuter, Karen | - |
dc.contributor.author | Alberca, Lucas N. | - |
dc.contributor.author | Bellera, Carolina L. | - |
dc.contributor.author | Medeiros, Andrea | - |
dc.contributor.author | López, Gloria V. | - |
dc.contributor.author | Ingold, Mariana | - |
dc.contributor.author | Porcal, Williams | - |
dc.contributor.author | Dibello, Estefanía | - |
dc.contributor.author | Ihnatenko, Irina | - |
dc.contributor.author | Kunick, Conrad | - |
dc.contributor.author | Incerti, Marcelo | - |
dc.contributor.author | Luzardo, Martín | - |
dc.contributor.author | Colobbio, Maximiliano | - |
dc.contributor.author | Ramos, Juan Carlos | - |
dc.contributor.author | Manta, Eduardo | - |
dc.contributor.author | Minini, Lucía | - |
dc.contributor.author | Lavaggi, María Laura | - |
dc.contributor.author | Hernández, Paola | - |
dc.contributor.author | Šarlauskas, Jonas | - |
dc.contributor.author | Huerta García, César Sebastian | - |
dc.contributor.author | Castillo, Rafael | - |
dc.contributor.author | Hernández-Campos, Alicia | - |
dc.contributor.author | Ribaudo, Giovanni | - |
dc.contributor.author | Zagotto, Giuseppe | - |
dc.contributor.author | Carlucci, Renzo | - |
dc.contributor.author | Medrán, Noelia S. | - |
dc.contributor.author | Labadie, Guillermo R. | - |
dc.contributor.author | Martinez-Amezaga, Maitena | - |
dc.contributor.author | Delpiccolo, Carina M. L. | - |
dc.contributor.author | Mata, Ernesto G. | - |
dc.contributor.author | Scarone, Laura | - |
dc.contributor.author | Posada, Laura | - |
dc.contributor.author | Serra, Gloria | - |
dc.contributor.author | Calogeropoulou, Theodora | - |
dc.contributor.author | Prousis, Kyriakos | - |
dc.contributor.author | Detsi, Anastasia | - |
dc.contributor.author | Cabrera, Mauricio | - |
dc.contributor.author | Alvarez, Guzmán | - |
dc.contributor.author | Aicardo, Adrián | - |
dc.contributor.author | Araújo, Verena | - |
dc.contributor.author | Chavarría, Cecilia | - |
dc.contributor.author | Mašič, Lucija Peterlin | - |
dc.contributor.author | Gantner, Melisa E. | - |
dc.contributor.author | Llanos, Manuel A. | - |
dc.contributor.author | Rodríguez, Santiago | - |
dc.contributor.author | Gavernet, Luciana | - |
dc.contributor.author | Park, Soonju | - |
dc.contributor.author | Heo, Jinyeong | - |
dc.contributor.author | Lee, Honggun | - |
dc.contributor.author | Paul Park, Kyu-Ho | - |
dc.contributor.author | Bollati-Fogolín, Mariela | - |
dc.contributor.author | Pritsch, Otto | - |
dc.contributor.author | Shum, David | - |
dc.contributor.author | Talevi, Alan | - |
dc.contributor.author | Comini, Marcelo A. | - |
dc.date.accessioned | 2023-11-17T12:17:47Z | - |
dc.date.available | 2023-11-17T12:17:47Z | - |
dc.date.issued | 2023 | - |
dc.identifier.citation | Ruatta, S, Prada Gori, D, Fló Díaz, M, y otros. "Garbage in, garbage out: how reliable training data improved a virtual screening approach against SARS-CoV-2 MPro". Frontiers in Pharmacology. [en línea] 2023, vol. 14, 23 h. DOI: 10.3389/fphar.2023.1193282 | es |
dc.identifier.uri | https://hdl.handle.net/20.500.12008/41288 | - |
dc.description.abstract | Introduction: The identification of chemical compounds that interfere with SARS-CoV-2 replication continues to be a priority in several academic and pharmaceutical laboratories. Computational tools and approaches have the power to integrate, process and analyze multiple data in a short time. However, these initiatives may yield unrealistic results if the applied models are not inferred from reliable data and the resulting predictions are not confirmed by experimental evidence. Methods: We undertook a drug discovery campaign against the essential major protease (MPro) from SARS-CoV-2, which relied on an in silico search strategy –performed in a large and diverse chemolibrary– complemented by experimental validation. The computational method comprises a recently reported ligand-based approach developed upon refinement/learning cycles, and structure-based approximations. Search models were applied to both retrospective (in silico) and prospective (experimentally confirmed) screening. Results: The first generation of ligand-based models were fed by data, which to a great extent, had not been published in peer-reviewed articles. The first screening campaign performed with 188 compounds (46 in silico hits and 100 analogues, and 40 unrelated compounds: flavonols and pyrazoles) yielded three hits against MPro (IC50 ≤ 25 μM): two analogues of in silico hits (one glycoside and one benzo-thiazol) and one flavonol. A second generation of ligand-based models was developed based on this negative information and newly published peer-reviewed data for MPro inhibitors. This led to 43 new hit candidates belonging to different chemical families. From 45 compounds (28 in silico hits and 17 related analogues) tested in the second screening campaign, eight inhibited MPro with IC50 = 0.12–20 μM and five of them also impaired the proliferation of SARS-CoV-2 in Vero cells (EC50 7–45 μM). Discussion: Our study provides an example of a virtuous loop between computational and experimental approaches applied to target-focused drug discovery against a major and global pathogen, reaffirming the well-known “garbage in, garbage out” machine learning principle. | es |
dc.format.mimetype | application/pdf | es |
dc.language.iso | en | es |
dc.publisher | Frontiers Media | es |
dc.relation.ispartof | Frontiers in Pharmacology v.14, 2023. -- 23 h. | es |
dc.rights | Las obras depositadas en el Repositorio se rigen por la Ordenanza de los Derechos de la Propiedad Intelectual de la Universidad de la República.(Res. Nº 91 de C.D.C. de 8/III/1994 – D.O. 7/IV/1994) y por la Ordenanza del Repositorio Abierto de la Universidad de la República (Res. Nº 16 de C.D.C. de 07/10/2014) | es |
dc.subject.other | COVID-19 | es |
dc.subject.other | PROTEASAS | es |
dc.subject.other | FARMACOLOGÍA | es |
dc.subject.other | INTELIGENCIA ARTIFICIAL | es |
dc.title | Garbage in, garbage out: how reliable training data improved a virtual screening approach against SARS-CoV-2 MPro | es |
dc.type | Artículo | es |
dc.contributor.filiacion | Ruatta Santiago M., Institut Pasteur de Montevideo (Uruguay). Laboratory Redox Biology of Trypanosomes; Universidad Nacional del Litoral (Argentina). Facultad de Bioquímica y Ciencias Biológicas | - |
dc.contributor.filiacion | Prada Gori Denis N., National University of La Plata (Argentina). Faculty of Exact Sciences, Laboratory of Bioactive Compound Research and Development (LIDeB) | - |
dc.contributor.filiacion | Fló Díaz Martín, Institut Pasteur de Montevideo (Uruguay). Laboratory of Immunovirology; Universidad de la República (Uruguay). Departamento de Inmunobiología, Facultad de Medicina | - |
dc.contributor.filiacion | Lorenzelli Franca, Institut Pasteur de Montevideo (Uruguay). Laboratory Redox Biology of Trypanosomes | - |
dc.contributor.filiacion | Perelmuter Karen, Institut Pasteur de Montevideo (Uruguay). Cell Biology Unit | - |
dc.contributor.filiacion | Alberca Lucas N., National University of La Plata (Argentina). Faculty of Exact Sciences, Laboratory of Bioactive Compound Research and Development (LIDeB); Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET) (Argentina) | - |
dc.contributor.filiacion | Bellera Carolina L., National University of La Plata (Argentina). Faculty of Exact Sciences, Laboratory of Bioactive Compound Research and Development (LIDeB); Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET) (Argentina) | - |
dc.contributor.filiacion | Medeiros Andrea, Institut Pasteur de Montevideo (Uruguay). Laboratory Redox Biology of Trypanosomes; Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Medicina, Departamento de Bioquímica | - |
dc.contributor.filiacion | López Gloria V., Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Química, Departamento de Química Orgánica; Institut Pasteur de Montevideo (Uruguay). Vascular Biology and Drug Discovery Lab | - |
dc.contributor.filiacion | Ingold Mariana, Institut Pasteur de Montevideo (Uruguay). Vascular Biology and Drug Discovery Lab | - |
dc.contributor.filiacion | Porcal Williams, Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Química, Departamento de Química Orgánica; Institut Pasteur de Montevideo (Uruguay). Vascular Biology and Drug Discovery Lab | - |
dc.contributor.filiacion | Dibello Estefanía, Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Química, Departamento de Química Orgánica | - |
dc.contributor.filiacion | Ihnatenko Irina, Technische Universität Braunschweig (Alemania). Institute of Medicinal and Pharmaceutical Chemistry, PVZ—Center of Pharmaceutical Engineering | - |
dc.contributor.filiacion | Kunick Conrad, Technische Universität Braunschweig (Alemania). Institute of Medicinal and Pharmaceutical Chemistry, PVZ—Center of Pharmaceutical Engineering | - |
dc.contributor.filiacion | Incerti Marcelo, Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Química, Departamento de Química Orgánica | - |
dc.contributor.filiacion | Luzardo Martín, Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Química, Departamento de Química Orgánica | - |
dc.contributor.filiacion | Colobbio Maximiliano, Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Química, Departamento de Química Orgánica; Facultad de Química, Instituto Polo Tecnológico de Pando, Laboratorio de Química Fina | - |
dc.contributor.filiacion | Ramos Juan Carlos, Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Química, Departamento de Química Orgánica; Facultad de Química, Instituto Polo Tecnológico de Pando, Laboratorio de Química Fina | - |
dc.contributor.filiacion | Manta Eduardo, Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Química, Departamento de Química Orgánica; Facultad de Química, Instituto Polo Tecnológico de Pando, Laboratorio de Química Fina | - |
dc.contributor.filiacion | Minini Lucía, Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Química, Departamento de Química Orgánica | - |
dc.contributor.filiacion | Lavaggi María Laura, Universidad de la República (Uruguay). Centro Universitario Regional Noreste, Sede Rivera, Laboratorio de Química Biológica Ambiental | - |
dc.contributor.filiacion | Hernández Paola, Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable (Uruguay). Departamento de Genética | - |
dc.contributor.filiacion | Šarlauskas Jonas, Vilnius University (Lituania). Institute of Biochemistry, Department of Xenobiotic Biochemistry, Life Sciences Centre | - |
dc.contributor.filiacion | Huerta García César Sebastian, Universidad Nacional Autónoma de México (México). Facultad de Química, Departamento de Farmacia | - |
dc.contributor.filiacion | Castillo Rafael, Universidad Nacional Autónoma de México (México). Facultad de Química, Departamento de Farmacia | - |
dc.contributor.filiacion | Hernández-Campos Alicia, Universidad Nacional Autónoma de México (México). Facultad de Química, Departamento de Farmacia | - |
dc.contributor.filiacion | Ribaudo Giovanni, University of Brescia (Italia). Department of Molecular and Translational Medicine | - |
dc.contributor.filiacion | Zagotto Giuseppe, University of Padova (Italia). Department of Pharmaceutical and Pharmacological Sciences | - |
dc.contributor.filiacion | Carlucci Renzo, Universidad Nacional de Rosario (Argentina). CONICET, Instituto de Química Rosario (IQUIR) UNR, Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas | - |
dc.contributor.filiacion | Medrán Noelia S., Universidad Nacional de Rosario (Argentina). CONICET, Instituto de Química Rosario (IQUIR) UNR, Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas | - |
dc.contributor.filiacion | Labadie Guillermo R., Universidad Nacional de Rosario (Argentina). CONICET, Instituto de Química Rosario (IQUIR) UNR, Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas | - |
dc.contributor.filiacion | Martinez-Amezaga Maitena, Universidad Nacional de Rosario (Argentina). CONICET, Instituto de Química Rosario (IQUIR) UNR, Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas | - |
dc.contributor.filiacion | Delpiccolo Carina M. L., Universidad Nacional de Rosario (Argentina). CONICET, Instituto de Química Rosario (IQUIR) UNR, Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas | - |
dc.contributor.filiacion | Mata Ernesto G., Universidad Nacional de Rosario (Argentina). CONICET, Instituto de Química Rosario (IQUIR) UNR, Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas | - |
dc.contributor.filiacion | Scarone Laura, Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Química, Departamento de Química Orgánica | - |
dc.contributor.filiacion | Posada Laura, Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Química, Departamento de Química Orgánica | - |
dc.contributor.filiacion | Serra Gloria, Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Química, Departamento de Química Orgánica | - |
dc.contributor.filiacion | Calogeropoulou Theodora, National Hellenic Research Foundation (Grecia). Institute of Chemical Biology | - |
dc.contributor.filiacion | Prousis Kyriakos, National Hellenic Research Foundation (Grecia). Institute of Chemical Biology | - |
dc.contributor.filiacion | Detsi Anastasia, National Technical University of Athens (Grecia). Laboratory of Organic School of Chemical Engineering | - |
dc.contributor.filiacion | Cabrera Mauricio, Universidad de la República (Uruguay). CENUR Litoral Norte, Departamento de Ciencias Biológicas, Laboratorio de Moléculas Bioactivas | - |
dc.contributor.filiacion | Alvarez Guzmán, Universidad de la República (Uruguay). CENUR Litoral Norte, Departamento de Ciencias Biológicas, Laboratorio de Moléculas Bioactivas | - |
dc.contributor.filiacion | Aicardo Adrián, Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Medicina, Departamento de Bioquímica; Centro de Investigaciones Biomédicas (CEINBIO); Escuela de Nutrición, Departamento de Nutrición Clínica | - |
dc.contributor.filiacion | Araújo Verena, Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Medicina, Departamento de Bioquímica; Centro de Investigaciones Biomédicas (CEINBIO); Escuela de Nutrición, Departamento de Alimentos | - |
dc.contributor.filiacion | Chavarría Cecilia, Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Medicina, Departamento de Bioquímica; Centro de Investigaciones Biomédicas (CEINBIO) | - |
dc.contributor.filiacion | Mašič Lucija Peterlin, Univerza v Ljubljani (Eslovenia). Fakulteta za farmacijo | - |
dc.contributor.filiacion | Gantner Melisa E., National University of La Plata (Argentina). Faculty of Exact Sciences, Laboratory of Bioactive Compound Research and Development (LIDeB); Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET) (Argentina) | - |
dc.contributor.filiacion | Llanos Manuel A., National University of La Plata (Argentina). Faculty of Exact Sciences, Laboratory of Bioactive Compound Research and Development (LIDeB); Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET) (Argentina) | - |
dc.contributor.filiacion | Rodríguez Santiago, National University of La Plata (Argentina). Faculty of Exact Sciences, Laboratory of Bioactive Compound Research and Development (LIDeB) | - |
dc.contributor.filiacion | Gavernet Luciana, National University of La Plata (Argentina). Faculty of Exact Sciences, Laboratory of Bioactive Compound Research and Development (LIDeB); Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET) (Argentina) | - |
dc.contributor.filiacion | Park Soonju, Institut Pasteur Korea (República de Corea). Screening Discovery Platform | - |
dc.contributor.filiacion | Heo Jinyeong, Institut Pasteur Korea (República de Corea). Screening Discovery Platform | - |
dc.contributor.filiacion | Lee Honggun, Institut Pasteur Korea (República de Corea). Screening Discovery Platform | - |
dc.contributor.filiacion | Paul Park Kyu-Ho, Institut Pasteur Korea (República de Corea). Screening Discovery Platform | - |
dc.contributor.filiacion | Bollati-Fogolín Mariela, Institut Pasteur de Montevideo (Uruguay). Cell Biology Unit | - |
dc.contributor.filiacion | Pritsch Otto, Institut Pasteur de Montevideo (Uruguay). Laboratory of Immunovirology; Universidad de la República (Uruguay). Departamento de Inmunobiología, Facultad de Medicina | - |
dc.contributor.filiacion | Shum David, Institut Pasteur Korea (República de Corea). Screening Discovery Platform | - |
dc.contributor.filiacion | Talevi Alan, National University of La Plata (Argentina). Faculty of Exact Sciences, Laboratory of Bioactive Compound Research and Development (LIDeB); Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET) (Argentina) | - |
dc.contributor.filiacion | Comini Marcelo A., Institut Pasteur de Montevideo (Uruguay). Laboratory Redox Biology of Trypanosomes | - |
dc.rights.licence | Licencia Creative Commons Atribución (CC - By 4.0) | es |
dc.identifier.doi | 10.3389/fphar.2023.1193282 | - |
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