BioFlows

Abstract

Este proyecto tuvo como principal objetivo el desarrollo de una solución que permita incorporar flujos de ejecución de experimentos al sistema de gestión de información de laboratorios (LIMS) a utilizarse en el "Institut Pasteur de Montevideo". Con tal finalidad, se planteó la posibilidad de diseñar y ejecutar workflows adaptable a diversas instituciones con perfil biológico o de laboratorio. Esta adaptabilidad se logra mediante la configuración de interfaces externas que permiten interactuar con otros sistemas. El sistema BioFlows aborda cinco grandes áreas: el modelado de los procesos biológicos como workflows, la seguridad de la aplicación, el repositorio de procesos definidos por los usuarios, la interfaz de usuario y por último, la parte central para la comunicación con sistemas externos, el componente de interacción con LIMS. Para la construcción del sistema se utilizó la plataforma de desarrollo empresarial Java EE, optando por el servidor de aplicaciones JBoss. Para el diseño y ejecución de workflows se utilizaron las herramientas JaWE y jBPM respectivamente. Para la comunicación entre aplicaciones se utilizaron web services implementados mediante el motor Axis2. La autenticación y organización de usuarios se delegó una aplicación externa mediante el protocolo LDAP. Para la persistencia se utilizó el servidor de bases de datos relacionales PostgreSQL, haciendo uso de la herramienta Hibernate para el mapeo del modelo orientado a objetos al relacional. El sistema BioFlows se integró éxitosamente con el LIMS a utilizarse en el "Institut Pasteur de Montevideo". La solución desarrolada cumplió el objetivo principal de permitir la gestión y ejecución de flujos de experimentos, presentando otros aportes como son: un sistema de alta usabilidad, utilización de estándares para facilitar la interoperabilidad e interacción configurable con sistemas externos.