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https://hdl.handle.net/20.500.12008/50227
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| Title: | Desarrollo de inhibidores de sistemas proteína-ligando : estudio del caso de metiltransferasas |
| Authors: | Díaz Carpintieri, Natalia Mariel |
| Tutor: | Hernández, Gonzalo Davyt, Danilo |
| Type: | Tesis de doctorado |
| Keywords: | Diseño Racional, Metiltransferasa, Inhibidores |
| Issue Date: | 2025 |
| Content: | Antecedentes-- Resumen – Abstract -- Lista de abreviaturas -- Capítulo 1: Introducción y objetivos -- Capítulo 2: Estudio del sitio de unión del SAM a la NS5-Mtasa-Den2. Propuesta de los análogos sintéticos – Antecedentes -- 2.1. Estudio del sitio de unión -- 2.1.1. Confirmación de que la NS5-Mtasa-DEN2 pertenece a las metiltransferasas de clase I - -2.1.2. Estudio del bolsillo de unión al SAM -- 2.2. Inhibidores reportados para flavivirus -- 2.3. Propuesta de los análogos a SAM y SFG -- Capítulo 3: Primera aproximación de a los compuestos de interés: Síntesis de la serie A – Antecedentes -- 3.1. Ruta sintética 1: Primeras aproximaciones de síntesis -- 3.2. Ruta sintética 2: Nueva estrategia sintética -- 3.3. Ruta sintética 3: Formación de la amida -- Capítulo 3: Parte experimental -- Capítulo 4: Síntesis de los compuestos de la Serie B -- Antecedentes -- 4.1. Síntesis de los compuestos de la serie B -- 4.2. Asignación de los espectros de RMN realizados. Caracterización de los compuestos sintetizados -- Capítulo 4: Parte experimental -- Capítulo 5: Síntesis de los compuestos de la Serie C – Antecedente -- 5.1. Optimización de la ruta sintética para la obtención de la serie C -- 5.1.1. Estrategias sintéticas para la obtención de derivados del triazol -- 5.1.2. Estrategias sintéticas para el acople del heterociclo triazol al compuesto 3 -- 5.2. Ruta sintética para la obtención de los compuestos de la serie C -- Capítulo 5: Parte experimental -- Capítulo 6: Estudios computacionales de los compuestos de interés frente a NS5-Mtasa-Den2 – Antecedentes -- 6.1. Primeras aproximaciones al modelo de docking -- 6.1.1. Elección del programa -- 6.1.2. Optimización del modelo de docking -- 6.1.3. Validación del método de docking MOE-GOLD -- 6.2. Estudio del poder predictivo -- 6.2.1. Estudio del poder predictivo del modelo: docking -- 6.2.2. Estudio del poder predictivo del modelo: Dinámica molecular -- 6.2.3. Estudio del poder predictivo del modelo: MM/PBSA -- 6.3. Aplicación del modelo de docking a los compuestos de interés -- Capítulo 6: Parte Experimental -- Capítulo 7: Producción y evaluación de la enzima NS5-Mtasa-Den2 – Antecedentes -- 7.1. Evaluación de las metiltransferasas de origen comercial -- 7.2. Producción de NS5-Mtasa-Den2 -- 7.3. Ensayo de actividad: Consideraciones iniciales -- 7.4. Producción del sustrato de la enzima: análogo al ARNm vira -- 7.5. Evaluación de la actividad metiltransferasa de NS5-Mtasa-Den2 utilizando el kit comercial seleccionado -- 7.5.1. Optimización del kit de actividad -- 7.5.2. Re-evaluación de la actividad metiltransferasa de NS5-Mtasa-Den2 utilizando el kit comercial optimizado -- 7.5.3. Nueva producción y evaluación de la NS5-Mtasa-Den2 -- 7.6. Optimización de la producción de NS5-Mtasa-Den2 y su evaluación biológica -- 7.6.1. Primera optimización en la producción de NS5-Mtasa-Den2 -- 7.6.2. Segunda optimización en la producción de NS5-Mtasa-Den2 -- 7.6.3. Tercer intento de producción de NS5-Mtasa-Den2 -- 7.6.4. Cuarto intento de producción de NS5-Mtasa-Den2 -- Capítulo 7: Parte experimental -- Capítulo 8: Estudio de la interacción proteína-ligando por Resonancia Magnética Nuclear (RMN) – Antecedentes -- 8.1. Puesta a punto de experimento de STD-RMN -- 8.1.1. Optimización del experimento de STD-RMN -- 8.1.2. Mapa de epítopos de unión de ligando -- 8.2. Estudio por competencia en STD-RMN -- 8.3. Uso del experimento STD-RMN para los análogos propuestos -- Capítulo 8: Parte experimental -- Capítulo 9: Evaluación biológica de los compuestos sintetizados análogos al SAM y el SFG -- 9.1. Evaluación biológica: ensayo in-vitro frente a la NS5-Mtasa-Den2 -- 9.2. Evaluación biológica: ensayo in-vitro frente a células infectadas con el virus del dengue, serotipo 2 -- 9.2.1. Determinación de la citotoxicidad celular, determinación del CC50 -- 9.2.2. Evaluación de la actividad antiviral en Den2 -- 9.2.3. Resultados obtenidos -- Capítulo 9: Parte experimental -- Capíulo 10: Conclusiones y Perspectivas |
| Abstract: | El virus del dengue es el causante de la enfermedad del dengue que afecta a
millones de personas a nivel mundial. Este virus, perteneciente a la familia
Flaviviridae, codifica la proteína no estructural de la subunidad NS5 con actividad
metiltransferasa (NS5-Mtasa). Ésta realiza dos metilaciones consecutivas en la
caperuza del extremo 5’ del ARN mensajero (ARN-cap5’), utilizando Sadenosilmetionina
(SAM) como co-factor.
La presente tesis doctoral se centró en el desarrollo de inhibidores de la NS5-
Mtasa del virus del Dengue serotipo 2 (NS5-Mtasa-Den2) a partir de la
propuesta, desarrollo y optimización de un diseño racional de compuestos.
Para lograr este objetivo seleccionamos 4 herramientas para el diseño racional
de inhibidores: la síntesis orgánica de los compuestos a evaluar; el estudio de
interacción proteína-ligando mediante resonancia magnética nuclear (RMN); los
ensayos biológicos para medir la actividad antiviral de los compuestos; y los
modelos computacionales para evaluar los resultados obtenidos en las técnicas
anteriores y poder predecir nuevos posibles inhibidores.
Se desarrollaron y optimizaron las herramientas computacionales, los
experimentos de RMN para el estudio de interacción proteína-ligando, así como
las primeras aproximaciones en la producción de la NS5-Mtasa-Den2 a partir de
la colaboración con grupos de mayor experticia en el área.
Con respecto a la síntesis orgánica se llevó a cabo la búsqueda y optimización
de una ruta sintética adecuada, logrando la síntesis total de 20 compuestos
finales que se dividieron en tres series: A, B y C. Adicionalmente los compuestos
fueron evaluados frente a la NS5-Mtasa-Den2 en un ensayo de unión a filtros
(radioactive filter-binding assay (FBA), en inglés) y en cultivos celulares
infectadas con el virus del dengue serotipo 2. |
| Publisher: | Udelar. FQ : PEDECIBA |
| Citation: | Díaz Carpintieri, N. Desarrollo de inhibidores de sistemas proteína-ligando : estudio del caso de metiltransferasas [en línea]. Tesis de doctorado. Montevideo : Udelar. FQ : PEDECIBA, 2025 |
| Obtained title: | Doctor en Química |
| University or service that grants the title: | Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Química |
| License: | Licencia Creative Commons Atribución - No Comercial - Sin Derivadas (CC - By-NC-ND 4.0) |
| Appears in Collections: | Tesis de posgrado - Facultad de Química |
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