Evaluación de paneles de polimorfismos de nucleótido simple como herramientas en la mejora genética de ovinos Corriedale

Abstract

Los nematodos gastrointestinales (NGI) son las infecciones parasitarias más prevalentes en ovinos. Una alternativa de control es la selección de animales genéticamente resistentes utilizando como criterio de selección el recuento de huevos por gramo en heces (HPG). Los objetivos de esta tesis fueron: 1) evaluar el aporte de información molecular a través de la comparación de las precisiones de los valores de cría (EBV) y EBV genómicos (GEBV) de HPG y diámetro de fibra (DF) en la raza Corriedale, y 2) identificar regiones genómicas asociadas a la resistencia a NGI en ovinos Corriedale a través del estudio de asociación genómica en un solo paso (ssGWAS) de la característica HPG. El análisis incluyó 19.547 corderos con dato de HPG, de los cuales 454, 711 y 383 contaban con información molecular de 170, 507 y 50K SNP respectivamente. Los EBV y GEBV se estimaron con un modelo animal univariadoque incluyó los efectos fijos grupo contemporáneo, tipo de nacimiento y edad de la madre y edad al registro como covariable. Para el primer objetivo se consideraron pesos diferenciales (α) en la matriz de relaciones genómicas, identificándose los modelos con mejor ajuste con el criterio de información de Akaike, que fueron utilizados para la estimación de los GEBV y sus precisiones. El uso de α solo impactó en el ajuste a bajas densidades de SNP. No se encontraron diferencias en las precisiones promedio de la población total. En cambio, en el subgrupo de animales genotipados las precisiones aumentaron un 2% con 170 SNP (α=0,25), y con 507 SNP incrementaron 5% (α=0,5) y 14% (α=0,75). No hubo diferencias en precisiones de los EBV y GEBV de DF. El mejor desempeño del panel de 507 con α=0,75 podría estar relacionado con el mayor peso asignado a la información molecular (matriz G) comparado con la matriz de pedigree (A). Para el segundo objetivo se estimaron los efectos de los SNP a partir de los GEBV y se calcularon los p-valores con el programa POSTGSF90. El nivel de significancia fue definido por la Tasa de Descubrimiento Falso a nivel de cromosoma de α=0,05. Se identificaron regiones significativas en los cromosomas 1, 3, 12 y 19 cuando se utilizaron 170 SNP; en los cromosomas 7, 12 y 24 con el panel de 507 SNP y en el cromosoma 7 con el panel de 50K SNP. Los genes candidatos localizados en estas regiones, utilizando como referencia el genoma ovino Oar_v4.0, son: TIMP3, TLR5, LEPR y TLR9 (170 SNP), SYNDIG1L y MGRN1 (panel de 507 SNP) e INO80, TLN2, TSHR y EIF2AK4 (panel de 50K SNP). Los resultados son auspiciosos respecto al potencial de aumentar las precisiones de los GEBV de resistencia genética a NGI aún con bajas densidades de SNP. Además, se validaron regiones genómicas asociadas a HPG previamente identificadas en Corriedale y otras razas, y se reportaron regiones nuevas a ser investigadas.