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Por favor, use este identificador para citar o enlazar este ítem: https://hdl.handle.net/20.500.12008/27339 Cómo citar
Título: Compresión de datos generados por secuenciación de ADN por nanoporos
Autor: Izquierdo, Nicolás
Larghero, Gonzalo
Título Obtenido: Ingeniero en Computación
Facultad o Servicio que otorga el Título: Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Ingeniería
Tutor: Martín, Alvaro
Dufort, Guillermo
Tipo: Tesis de grado
Palabras clave: Compresión de datos, Nanoporos, Secuenciación de ADN, HDF5, FAST5
Fecha de publicación: 2020
Resumen: La secuenciación de ADN es una de las tecnologías con mayor crecimiento y potencial dentro del siglo XXI. Dentro de este contexto, recientemente la empresa Oxford Nanopore Technologies desarrolló el dispositivo MinION, capaz de secuenciar cadenas de ADN a través de una tecnología novedosa que ofrece ventajas destacables sobre otras anteriores. Como es usual en los datos de secuenciación, los archivos generados (de formato fast5) tienen un tamaño promedio grande, lo cual dificulta su almacenamiento y transmisión. Para esto se apunta a la creación de un compresor de datos, desarrollado específicamente con el objetivo de minimizar el tamaño de este tipo de archivos. La metodología utilizada para evaluar los resultados es el desarrollo de un software usando el lenguaje C++, de nombre F5Comp, el cual es comparado con otros compresores específicos tanto para el formato fast5 como generales. Se comparan tanto tiempos de ejecución como tasas de compresión. Los resultados obtenidos de la comparación indican que F5Comp desarrollado específicamente para el formato fast5 tiene mejores resultados en cuanto a reducción de espacio de almacenamiento, al coste de tener mayores tiempos de ejecución.
Editorial: Udelar.FI
Citación: Izquierdo, N. y Larghero, G. Compresión de datos generados por secuenciación de ADN por nanoporos [en línea] Tesis de grado. Montevideo : Udelar. FI. INCO, 2020.
Licencia: Licencia Creative Commons Atribución - No Comercial - Sin Derivadas (CC - By-NC-ND 4.0)
Aparece en las colecciones: Tesis de grado - Instituto de Computación

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