Análisis de datos de genotipado masivo de SNP para el manejo genético de los rodeos de bovino criollo uruguayo

Abstract

La conservación de los recursos genéticos para su uso sostenible requiere de su estudio y evaluación. El bovino Criollo Uruguayo (BCU) es una de las razas criollas distribuidas más al sur del continente. Posee gran diversidad genética y fenotípica y filogenéticamente está relacionado con el Criollo Argentino, el Criollo Argentino Patagónico y el Caracú de Brasil. Hasta hace tres años no había más de 600 animales en todo el país, ubicados en dos rodeos: la reserva de San Miguel (N = 525) y un productor privado en Cerro Largo (Estancia San Joaquín, N = 62). Actualmente existen otros 400 animales más propiedad de productores particulares. Estudios previos con marcadores moleculares se han centrado en la población de San Miguel y han encontrado baja introgresión genética, alta heterocigosidad y valores de endogamia cercanos a cero, con un leve déficit de homocigotas. Se evaluaron las dos poblaciones principales de BCU mediante un chip de genotipado masivo de densidad media. Se las comparó con razas comerciales presentes en el país para determinar su identidad y estructura genética, y evaluar el estado genético en que se encuentran. Se evaluó el desequilibrio de ligamiento, tamaño efectivo poblacional, heterocigosis y riqueza alélica. Se midió la endogamia de las poblaciones en base al exceso de homocigotas, a la matriz de relaciones genómicas y a las series de homocigosis. BCU se mantuvo genéticamente separada de las razas comerciales con las que se la comparó. Las poblaciones presentaron bajo desequilibrio de ligamiento, medio a bajo tamaño efectivo poblacional, heterocigosidad media a alta, alta riqueza alélica y bajo nivel de parentesco. La mayor concentración de ROH fue para segmentos de 4 a 8 y de 8 a 16 Mb, que es coherente con la fundación de las poblaciones. Los estadísticos F de endogamia indicaron que la endogamia es cercana a cero, con un leve exceso de heterocigosis. Los F calculados por los distintos métodos se correlacionaron positivamente, aunque en distinta magnitud. Los niveles de endogamia reportados se condicen con lo reportado previamente para la raza BCU y otras razas criollas y razas locales europeas y africanas. El bajo nivel de endogamia y medio a bajo Ne sugieren que la variabilidad de la población original era alta y que el efecto Wahlund no se disipó todavía. Si bien el nivel de variabilidad genética es medio a alto y la endogamia es baja, por su pequeño tamaño poblacional la raza se encontraría en peligro de extinción, y se incentiva a continuar los esfuerzos de caracterización, manejo y conservación de la raza. El genotipado masivo de densidad media resultó ser una herramienta efectiva para la evaluación de las poblaciones de BCU analizadas.