Diversidad genética y análisis de riesgo microbiológico de virus gastroentéricos en aguas residuales y superficiales de ciudades ribereñas del Río Uruguay

Abstract

Los virus gastroentéricos afectan a la salud de todos los grupos etarios de humanos principalmente a niños y ancianos en todo el mundo. Se diseminan en diferentes cuerpos de aguas por medio de la contaminación con aguas residuales ocasionando brotes de gastroenteritis en la población que utiliza dicho recurso con diferentes fines. El objetivo de esta tesis fue estudiar el impacto de Rotavirus del grupo A (RVA), Norovirus (NoV) y Astrovirus humano (HAstV) sobre la salud de la población ribereña del Rio Uruguay, mediante su caracterización molecular (técnicas de Sanger y secuenciación de nueva generación, Next-Generation Sequencing [NGS]) y la realización de análisis de riesgo microbiológico cuantitativo (Quantitative Microbial Risk Assesment [QMRA]). Para el QMRA se tomaron muestras mensuales de agua superficial del Río Uruguay en la ciudad de Fray Bentos y en el balneario Las Cañas. Para la caracterización molecular se tomaron muestras mensuales de aguas residuales de las ciudades de Bella Unión, Salto y Fray Bentos. En las aguas residuales, RVA fue el más frecuentemente detectado (50%), seguido de HAstV (39%), NoV GII (36%) y NoV GI (25%). Por medio de la metodología de Sanger y NGS las cepas de RVA se caracterizaron como G3 y P[8] según VP7 y VP4, respectivamente. En la secuenciación por Sanger, para NoV se detectaron e identificaron los genotipos GI.2, GI.3, GI.5, GI.6, GI.7, GI.12, mientras que para NoV GII los genotipos caracterizados filogenéticamente fueron GII.2, GII.4 y GII.6 y solo se encontró un genotipo de HAstV (MLB1). En la secuenciación por NGS para NoV GII se logró identificar la variante GII.4 Sydney 2012 además de los genotipos ya caracterizados por Sanger. Para HAstV, los genotipos observados fueron MLB1, MLB2 y HAstV-1. Por medio del QMRA se determinó que la probabilidad de infección por RVA para los pescadores varió entre 0% y 65% y para los nadadores entre 0% y 50% (<18 años) y entre 0% y 38% (>18 años). Para HAstV, la probabilidad de la infección para los pescadores varió entre 0% y 45% y para los nadadores entre 0 y 38% (<18 años) y entre 0 y 18% (>18 años). Este trabajo reveló una gran diversidad de genotipos de virus gastroentéricos que circulan en ciudades ribereñas del rio Uruguay, así como un considerable riesgo de infección asociado a diferentes actividades recreativas que allí se realizan.