Caracterización genómica de cepas de coronavirus bovino circulantes en Uruguay

Abstract

El coronavirus bovino (BCoV) es uno de los principales agentes etiológicos del síndrome de diarrea neonatal (SDN) en bovinos, siendo detectado tanto en heces como en secreciones respiratorias de animales infectados. Esta enfermedad representa un desafío relevante para la salud animal y genera pérdidas económicas signifificativas en los sistemas de producción de carne y leche. La gran diversidad genética del BCoV, su capacidad de recombinación, cambio de huésped y emergencia de nuevas variantes, hace necesaria una vigilancia genómica constante y actualizada. En este trabajo se estandarizó un protocolo de secuenciación de genomas completos de BCoV mediante tecnologías de secuenciación masiva (NGS), aplicándose a muestras fecales recolectadas en Uruguay entre 2017 y 2024. Como resultado, se obtuvieron y analizaron seis genomas completos de BCoV, que constituyen los primeros registros de este tipo en Sudamérica. Las secuencias fueron ensambladas, anotadas y sometidas a análisis fifilogenéticos tanto a nivel del genoma completo como de genes individuales, incluyendo 1a, 1b, HE, S, E, M, y N, utilizando todas las secuencias disponibles en la base de datos del National Center for Biotechnology Information (NCBI). Los resultados fifilogenéticos basados en el gen S revelaron que las cepas uruguayas analizadas se agruparon en dos linajes, uno de ellos no descrito en Sudamérica hasta la fecha. Según los análisis de genomas completos, las cepas más antiguas (2017–2019) mostraron evidencia de recombinación. En cambio, las cepas más recientes (2024) se agruparon con secuencias europeas, sugiriendo una introducción reciente desde Europa Occidental. Ninguna de las cepas uruguayas mostró una relación cercana con la cepa vacunal Mebus ni con otras secuencias prototipo, lo que indica una marcada divergencia genética. Estos hallazgos subrayan la necesidad de implementar programas de vigilancia genómica sostenida en el ganado uruguayo, con énfasis en la obtención de genomas completos. Además, el estudio demuestra el valor estratégico de incorporar tecnologías de secuenciación de nueva generación en los sistemas de diagnóstico y monitoreo molecular, permitiendo una respuesta más rápida y precisa ante enfermedades virales que afectan la producción animal y, por ende, la economía nacional