Identificación integrada de diversas alteraciones genómicas accionables en pan-cáncer mediante NGS

Abstract

La investigación abordada en este trabajo, apunta al desarrollo y validación de un panel de secuenciación de próxima generación (NGS) para la identificación de alteraciones genómicas accionables en cáncer. El objetivo principal es optimizar el diagnóstico molecular de tumores en Uruguay mediante la integración de un panel de 17 genes específicos y un panel de inestabilidad de microsatélites (MSI). Este enfoque busca no solo identificar mutaciones relevantes en oncogenes y genes supresores de tumores, sino también evaluar la inestabilidad de microsatélites, una característica importante en varios tipos de cáncer. El diseño metodológico incluyó la extracción de ADN de muestras embebidas en parafina (FFPE), la preparación de librerías y la secuenciación mediante tecnología de secuenciación de próxima generación (NGS, por sus siglas en inglés) en el secuenciador Ion GeneStudio S5 (Thermo Fisher Scientific). En esta investigación se utilizaron tanto muestras de ADN comercial con mutaciones conocidas como muestras de pacientes reales, lo cual permitió evaluar la sensibilidad y especificidad del método en condiciones controladas y en un contexto clínico. Para el procesamiento de los datos obtenidos a partir de la secuenciación se realizaron diversos análisis bioinformáticos, se emplearon sistemas de análisis disponibles que permiten el alineamiento de secuencias y la evaluación de la cobertura en las regiones objetivo. Estos análisis bioinformáticos son esenciales para cuantificar la profundidad de lectura en cada amplicón y asegurar que las mutaciones relevantes sean detectadas de manera precisa. Una cobertura adecuada garantiza que las regiones de interés estén bien representadas en la secuenciación, lo cual es crucial para la fiabilidad de los resultados obtenidos. Los resultados preliminares indicaron que el panel propuesto es eficaz para detectar variaciones en genes de importancia clínica y para evaluar la inestabilidad de microsatélites. La validación en muestras de ADN comercial y de pacientes permitió confirmar que se puede lograr una cobertura adecuada y un balance óptimo entre las lecturas de ambos paneles. Esta metodología es prometedora para su aplicación en el diagnóstico clínico del cáncer, facilitando un enfoque personalizado que optimiza recursos y mejora la precisión en la medicina genómica aplicada a la oncología en Uruguay.