Análisis de metilación en promotores de genes candidatos en pacientes con Leucemia mieloblástica aguda de Uruguay

Abstract

La leucemia mieloblástica aguda (LAM) es la leucemia aguda más frecuente en adultos mayores. En estudios genómicos recientes se describieron alteraciones somáticas genéticas y epigenéticas en genes candidatos recurrentes en pacientes con LMA con importancia clínica y terapéutica. Actualmente, se utilizan marcadores citológicos, citogenéticos y moleculares para definir el pronóstico. No obstante, algunos de los pacientes presentan cariotipo normal al diagnóstico sin otros marcadores pronósticos disponibles, lo que dificulta predecir su evolución. El objetivo de este trabajo fue detectar nuevos marcadores pronósticos epigenéticos en pacientes con LAM de Uruguay. Para esto, evaluamos los niveles de metilación de los promotores de los genes candidatos TET2, KIT, PTEN y RUNX1 en 17 muestras de ADN de pacientes con LAM al debut de la enfermedad y 3 controles sanos. Se amplificaron los promotores génicos a partir de ADN tratado con bisulfito de sodio y se secuenciaron utilizando la plataforma MinION (Nanopore). Se diseñó un pipeline de análisis bioinformático para determinar los niveles de metilación de cada CpG en las regiones promotoras estudiadas, y se correlacionaron con los datos clínicos de los pacientes. Los promotores estudiados se encuentran desmetilados en la mayoría de los individuos. Sin embargo, detectamos sitios CpG específicos hipermetilados en los promotores de TET2 y KIT en pacientes con una manifestación extremadamente aguda de la enfermedad con evolución rápidamente desfavorable, en comparación con el control. Estos resultados preliminares deben ser validados en un muestreo mayor. Actualmente se están analizando otros promotores génicos con el fin de ayudar la estratificación clínica de los pacientes con LAM en Uruguay.