Análisis bioinformático de un panel genómico (NGS) para detectar variantes patogénicas del gen del factor VIII de la coagulación

Abstract

La hemofilia A es una coagulopatía hereditaria ligada al cromosoma X mas frecuente, es causada por mutaciones deletéreas en el gen del factor VIII (FVIII) de coagulación (F8). Existen más de 3500 mutaciones diferentes reportadas en el gen F8 asociadas con los fenotípos, leves, moderados y severos. Afecta principalmente a los varones, sin embargo las mujeres portadoras pueden manifestar fenotipos desde leves a severo. Su diagnóstico constituye una etapa crítica en la atención, ya que involucra decisiones médicas que tendrán un impacto directo en la evolución del cuidado individual. En este trabajo se desarrolló un pipeline de análisis bioinformático propio para detectar variantes patogénicas en el gen F8 a partir de datos de NGS generados de un panel de genes asociados a las coagulopatías hereditarias relevantes.Fueron aplicandas diferentes herramientas como BWA, Samtools, picard, GATK y annovar, para el mapeo, filtrado, llamada de variantes, y anotación de loas variantes funcionales, y sus existencia en diferentes bases de datos. Como resultado se detecto una variante patogénica que consiste en la inserción de dos pares de bases (GA) en el exón 14, la cual cambia el marco de lectura generando un codón stop anticipado que genera una proteína truncada lo que explica el fenotipo severo del individuo. El análisis con la herramienta annovar mostró que la variante aún no ha sido reportada en ninguna base de datos. Este flujo de trabajo bioinformático permitió la detección de la variante patogénica esperada, así como de diferentes SNPs e indels en el gen del factor VIII de la coagulación, lo que posibilita que se realice de forma rápida y confiable el diagnóstico genético molecular de los pacientes con hemofilia y se detecten las portadoras lo que posibilita el asesoramiento genético.