Análisis de metilación de promotores de genes candidatos en parto prematuro severo

Abstract

El parto pretérmino (PPT) es el parto desencadenado antes de 37 semanas de gestación, y es un problema de salud a nivel mundial, siendo la principal causa de muerte y morbilidad infantil. Es una enfermedad compleja, que puede desencadenarse por factores genéticos, sociales y/o ambientales. En Uruguay anualmente 12% de los niños nacen prematuros, siendo un problema de salud nacional causando problemas en el desarrollo a corto y largo plazo. Previamente en el laboratorio se identificó un conjunto de genes diferencialmente expresados en recién nacidos PPT severos en la población uruguaya. Nuestro objetivo es evaluar si estos genes tienen cambios en la metilación del ADN de sus promotores que expliquen el cambio en su expresión. Para estudiarlo seleccionamos 6 genes diferencialmente expresados entre aquellos con mayores tasas de cambio logarítmico absolutas: GK, CES4A, MIR155HG, NIBAN1, PIK3AP1 y LAMP3. Se amplificaron por PCR y se secuenciaron ADNs tratados con bisulfito de sodio de 4 pacientes con PPT severo y 6 con parto a término como controles. Se secuenciaron mediante la plataforma MinION (Nanopore) y se diseñó un pipeline de análisis bioinformático para estimar el porcentaje de metilación de cada CpG en las regiones estudiadas. Detectamos una hipometilación del promotor de MIR155HG en recién nacidos PPT severos en comparación a los controles, en concordancia con la sobreexpresión en prematuros reportada previamente. Sin embargo, estas diferencias no fueron significativas estadísticamente según el test de Wilcoxon. Estos resultados preliminares deben ser analizados en un muestreo mayor, para validar el efecto de la metilación de ADN en estos promotores génicos sobre el PPT.