A straightforward technique to obtain genomic DNA from nasal swabs suitable for sheep SNP genotyping analysis

Abstract

Isolation of high quality and quantity genomic DNA is essential for molecular studies. It is crucial to select a non-invasive and straightforward technique to ensure the efficient collection of DNA, particularly at the farm level. The aim of this study was to determine if nasal swabs are an appropriate biological matrix to obtain good quality genomic DNA suitable for SNP genotyping. In this study, two biological matrices (blood and nasal swabs) were evaluated and com-pared for the isolation of genomic DNA obtained from 15 female Texel sheep. DNA quality and quantity were assessed using spectrophotometry and gel electrophoreses. Genotype concordance rates were used for comparison. Results showed that the highest concentration mean was obtained from blood samples (159.14 ng/µl), while from nasal swab samples the concentration mean was lower (130.12 ng/µl), but the difference was non-significant. Regarding purity, DNA obtained from nasal swabs presented a higher A260/A280 ratio (1.96), while the one obtained from blood sam-ples was 1.90. Total DNA yield obtained from blood samples (15.91 µg) was significantly higher than the one obtained from nasal swabs (6.51). Blood and nasal swab genotyping concordance rates were high (mean = 0.984). In conclu-sion, our results indicate that nasal swabs can yield good quality DNA; however, the DNA extraction protocol should be optimized.

El aislamiento de ADN genómico de alta calidad y cantidad es fundamental para los estudios moleculares. Es crucial seleccionar una técnica sencilla y no invasiva para garantizar la recolección eficiente de ADN, particularmente a nivel de los establecimientos. El objetivo de este estudio fue determinar si los hisopados nasales son una matriz biológica apropiada para obtener ADN genómico de buena calidad para el genotipado de SNP. En el estudio se evaluaron y compararon dos matrices biológicas (sangre e hisopados nasales) para el aislamiento de ADN genómico obtenido de 15 ovejas Texel. La determinación de la calidad y la cantidad de ADN se realizó mediante espectrofotometría y elec-troforesis en gel. Se utilizaron tasas de concordancia de genotipado para comparación. Los resultados mostraron que la concentración media más alta se obtuvo de las muestras de sangre (159,14 ng/μl), mientras que de las muestras de hisopados nasales la concentración media fue menor (130,12 ng/μl), pero la diferencia no fue significativa. En cuanto a la pureza, el ADN obtenido a partir de hisopados nasales presentó una relación A260/A280 mayor (1,96), mientras que el obtenido de muestras de sangre fue de 1,90. El rendimiento total del ADN obtenido a partir de muestras de sangre (15,91 µg) fue significativamente mayor que el obtenido a partir de hisopados nasales (6,51). Las tasas de concordancia de sangre e hisopados nasales fueron altas (media = 0,984). En conclusión, nuestros resultados indican que es posible obtener ADN de buena calidad a partir de hisopados nasales; sin embargo, se debe optimizar el proto-colo de extracción de ADN.

O isolamento do DNA genômico com alta qualidade e quantidade é essencial para estudos moleculares. É crucial selecionar uma técnica não invasiva e simples para garantir a recolha eficiente de ADN, especialmente ao nível das fazendas. O objectivo deste estudo foi determinar se os esfregaços nasais são uma matriz biológica apropriada para obter ADN genómico de boa qualidade adequado para genotipagem de SNP. Neste estudo, duas matrizes biológicas (sangue e esfregaço nasal) foram avaliadas e comparadas para o isolamento de DNA genômico obtido de 15 ovelhas fêmeas Texel. A determinação da qualidade e quantidade do DNA foi realizada por espectrofotometria e eletroforese em gel. As taxas de concordância genotípica foram utilizadas para comparação. Os resultados mostraram que a mé-dia de concentração mais alta foi obtida nas amostras de sangue (159,14 ng/µl), enquanto nas amostras de esfregaço nasal a média de concentração foi menor (130,12 ng/µl), mas a diferença não foi significativa. Em relação à pureza, o DNA obtido em esfregaços nasais apresentou maior relação A260/A280 (1,96), enquanto o obtido em amostras de sangue foi de 1,90. O rendimento total de DNA obtido em amostras de sangue (15,91 µg) foi significativamente supe-rior ao obtido em esfregaços nasais (6,51). As taxas de concordância de sangue e esfregaço nasal foram elevadas (média = 0,984). Concluindo, nossos resultados indicam que esfregaços nasais podem produzir DNA de boa qualida-de; no entanto, o protocolo de extração de DNA deve ser otimizado.