Programa de Transcriptómica 2: single-cell RNA-seq

Abstract

El curso propone brindar al estudiante el entendimiento de los conceptos principales y de las aplicaciones de la transcriptómica de célula única, focalizado en el análisis de datos. Los conceptos incluyen: diferentes tecnologías de single-cell RNA-seq; aplicaciones; selección de muestras y replicación; pre-procesamiento de datos y control de calidad; reducción de dimensiones y clusterización; obtención de marcadores celulares e identificación de tipos celulares; análisis de expresión diferencial entre condiciones o grupos; interpretación de los resultados con respecto al rol de los genes en procesos y vías metabólicas; inferencia de interacciones célula-célula. Las herramientas incluyen: las de alineamiento y obtención de tablas de conteo (e.g. STAR-solo, Cell Ranger); pipeline de análisis de Seurat y múltiples paquetes de R y Python complementarios. El estudiante adquirirá habilidades que le permitirán: - diseñar un experimento de single-cell RNA-seq - analizar un experimento de single-cell RNA-seq - visualizar resultados a través de diferentes tipos de gráficos y comunicar efectivamente sus resultados - pensamiento crítico: desarrollar la capacidad de evaluar e interpretar resultados transcriptómicos, así como hacer frente a problemas que puedan surgir.