Programa de Transcriptómica 1: RNA-seq

Abstract

El curso propone brindar al estudiante el entendimiento de los conceptos principales y de las aplicaciones de la transcriptómica. Los conceptos incluyen: uso de diferentes tecnologías de secuenciación y sus ventajas; aplicaciones; selección de muestras y replicación; pre-procesamiento de datos y control de calidad; métodos de ensamblado transcriptómico; análisis de expresión diferencial entre condiciones o grupos; interpretación de los resultados con respecto al rol de los genes en procesos y vías metabólicas; introducción al análisis de expresión génica a nivel de células únicas. Las herramientas incluyen: las de alineamiento y ensamblado (e.g. STAR, HISAT2, StringTie, Kallisto, Trinity, featureCounts); las de control de calidad y pre-procesamiento (e.g. FastQC, MultiQC, Trimmomatic, Cutadapt); las de expresión diferencial (e.g. DESeq2, edgeR, limma, sleuth); las de anotación funcional (e.g. clusterProfiler, GOSeq); las que contribuyen a la visualización de los resultados (e.g. IGV y paquetes de R/Bioconductor múltiples). El estudiante adquirirá habilidades que le permitirán: - diseñar un experimento de RNA-seq con controles y replicación apropiados - analizar un experimento de RNA-seq, incluyendo efectuar controles de calidad, expresión diferencial e interpretación funcional. - visualizar datos transcriptómicos a través de diferentes tipos de gráficos y comunicar efectivamente sus resultados - pensamiento crítico: desarrollar la capacidad de evaluar e interpretar resultados transcriptómicos, así como hacer frente a problemas que puedan surgir.