https://hdl.handle.net/20.500.12008/3871 Reúne las tesis de Maestría y Doctorado 2026-05-05T20:23:21Z https://hdl.handle.net/20.500.12008/54658 Título: Patrones evolutivos y mecanismos de restricción antiviral en la adaptación de virus ARN zoonóticos Autor: Paz, Mercedes Resumen: Los virus ARN presentan alta plasticidad genética, que les permite adaptarse a nuevos hospederos bajo presiones selectivas que operan a nivel poblacional e intracelular. En esta tesis se investigó cómo estas presiones moldean la arquitectura genómica y la trayectoria adaptativa de dos virus ARN zoonóticos. En el primer capítulo se utilizó SARS-CoV-2 como modelo de emergencia y diversificación reciente, evaluando su dinámica evolutiva mediante un estudio composicional del gen S en VOCs y de la emergencia de Ómicron. Análisis multivariados (PCA y mapas de calor) evidenciaron que los patrones de uso de codones y la composición nucleotídica se asocian con la diferenciación genotípica entre variantes virales. La divergencia de Ómicron no se limita a sustituciones aminoacídicas puntuales, sino que podría reflejar una reorganización más amplia de la arquitectura genómica del gen S. En particular, Alfa, Beta, Gamma y Delta mostraron mayor proximidad genética entre sí, mientras que Ómicron ocupó un espacio multivariado claramente diferenciado, consistente con una trayectoria evolutiva independiente en el árbol filogenético de SARS-CoV-2. Estos resultados sugieren que el gen S contiene suficiente información evolutiva para asignar VOCs a sus linajes incluso a partir de variables composicionales globales, reforzando su utilidad como marcador evolutivo. Asimismo, análisis filodinámicos sugieren que los ancestros de este linaje habrían circulado durante un período prolongado antes de su detección, evidenciando diversificación temprana. En el segundo capítulo se estudió el rol de la inmunidad innata como fuerza selectiva sobre arbovirus, con foco en la proteína antiviral de dedos de zinc (ZAP) de vertebrados, que reconoce dinucleótidos CpG en ARN virales. Los virus ARN que infectan vertebrados presentan una marcada supresión de CpG asociada a la actividad restrictiva de ZAP. Sin embargo, los arbovirus deben replicar eficientemente en vertebrados e invertebrados, por lo que están sometidos a presiones evolutivas potencialmente divergentes. Para abordar esta pregunta se utilizó una variante de MAYV enriquecida en CpG (FG+) y se generó una línea celular A549 deficiente en ZAP mediante CRISPR/Cas9. Los resultados evidenciaron que el aumento de CpG produce una marcada atenuación viral dependiente de este factor restrictivo. Además, se observó que la isoforma ZAPL actúa como principal mediador restrictivo durante etapas tempranas de la infección y que la estimulación con IFNα potencia esta restricción de manera dependiente de ZAP. También se evidenció que MAYV silvestre (WT) es susceptible a la inhibición mediada por ZAP, lo que sugiere que la modulación del contenido de CpG constituye un compromiso adaptativo relevante para arbovirus que alternan entre distintos hospedadores. En conjunto, estos capítulos muestran cómo distintos niveles de presión selectiva, desde procesos evolutivos poblacionales hasta mecanismos de inmunidad innata, moldean la composición genómica y el potencial adaptativo de virus ARN. Finalmente, en el tercer capítulo se exploró el rediseño del genoma de MAYV como herramienta experimental mediante la generación de variantes sintéticas capaces de expresar un ARN guía del sistema CRISPR/Cas9 dirigido contra ZAP. Aunque no se detectó edición génica eficiente en las condiciones evaluadas, los resultados demostraron la viabilidad de utilizar MAYV como plataforma para la expresión de ARN pequeños y resaltan su potencial para estudios funcionales.; RNA viruses exhibit high genetic plasticity, enabling them to adapt to new hosts under selective pressures acting at both the population and intracellular levels. In this thesis, we investigated how these pressures shape the genomic architecture and adaptive trajectories of two zoonotic RNA viruses. In the first chapter, SARS-CoV-2 was used as a model of recent emergence and diversification to examine its evolutionary dynamics through a compositional analysis of the S gene across variants of concern (VOCs), with particular focus on the emergence of Omicron. Multivariate analyses (PCA and heatmaps) showed that codon usage patterns and nucleotide composition are associated with the genotypic differentiation among viral variants. The divergence of Omicron is therefore not limited to point amino acid substitutions but may reflect a broader reorganization of the genomic architecture of the S gene. In particular, Alpha, Beta, Gamma, and Delta showed greater genetic proximity to one another, whereas Omicron occupied a clearly distinct multivariate space, consistent with an independent evolutionary trajectory within the SARS-CoV-2 phylogenetic tree. These findings suggest that the S gene contains sufficient evolutionary signal to assign VOCs to their respective lineages even using global compositional variables, highlighting its value as an evolutionary marker. Phylodynamic analyses further suggest that the ancestors of this lineage circulated for an extended period before its detection, indicating early diversification. The second chapter investigated how innate immunity shapes arbovirus genome composition, focusing on the vertebrate zinc-finger antiviral protein (ZAP), which recognizes CpG dinucleotides in viral RNA. RNA viruses infecting vertebrates typically show strong CpG suppression, a feature linked to the restrictive activity of ZAP. However, arboviruses must replicate efficiently in both vertebrate and invertebrate hosts and are therefore exposed to potentially divergent evolutionary pressures. To address this, a CpG-enriched MAYV variant (FG+) was used together with a ZAP-deficient A549 cell line generated by CRISPR/Cas9. Increasing CpG content resulted in marked viral attenuation in a ZAP-dependent manner. The ZAPL isoform was identified as the main restrictive mediator during the early stages of infection, and IFNα stimulation further enhanced this restriction in a ZAP-dependent manner. Importantly, wild-type MAYV was also susceptible to ZAP-mediated inhibition, suggesting that modulation of CpG content represents an important adaptive trade-off for arboviruses that alternate between different hosts. Together, these chapters show how selective pressures operating at different levels—from population-level evolutionary processes to mechanisms of innate immunity—shape the genomic composition and adaptive potential of RNA viruses. Finally, the third chapter explored the use of genome engineering in MAYV as an experimental tool through the generation of synthetic viral variants capable of expressing a CRISPR/Cas9 guide RNA targeting ZAP. Although efficient gene editing was not detected under the conditions tested, these results demonstrate the feasibility of using MAYV as a platform for the expression of small RNAs and highlight its potential as an experimental system for functional studies. 2026-01-01T00:00:00Z https://hdl.handle.net/20.500.12008/54638 Título: Radiación gravitacional y teoremas soft logarítmicos Autor: Boschetti, Gianni Resumen: La radiación gravitacional emitida en un proceso genérico está gobernada, en el límite de baja frecuencia, por los denominados teoremas soft. Estos son expresiones universales que dependen únicamente de los momentos de los objetos involucrados, y se aplican tanto a cuerpos celestes en procesos astrofísicos como a partículas elementales. En este trabajo nos centramos en el segundo término en la expansión mencionada, el cual depende logarítmicamente de la frecuencia y, por tanto, se denomina teorema soft logarítmico. En particular, presentamos una prueba de dicho teorema que depende únicamente de las propiedades de la relatividad general acoplada a materia. Para ello se utiliza el formalismo asintótico, en el cual se resuelven las ecuaciones de Einstein en las distintas regiones asintóticas del espacio-tiempo. Este enfoque permite además responder algunas interrogantes presentes en la literatura acerca de esta expresión. En particular, el hecho de que, tras ciertas cancelaciones no triviales, el resultado final no depende de las partículas sin masa salientes. Finalmente, se extiende la expresión de este teorema al caso en que se considera radiación gravitacional incidente en el proceso de scattering. Esto permite resolver otra tensión en la literatura, ya que las expresiones propuestas hasta ahora no respetaban la invarianza bajo inversiones en el tiempo.; The gravitational radiation emitted in a generic process is governed, in the low-frequency limit, by the so-called soft theorems. These are universal expressions that depend only on the momenta of the objects involved, and apply both to celestial bodies in astrophysical processes and to elementary particles. In this work we focus on the second of the terms in the aforementioned expansion, which depends logarithmically on the frequency and is therefore referred to as the logarithmic soft theorem. In particular, we present a proof of this theorem that relies only on the general properties of general relativity coupled to matter. To this end, we employ the asymptotic formalism, in which Einstein’s equations are solved in the different asymptotic regions of spacetime. This approach also allows us to address certain questions raised in the literature regarding this expression. In particular, the fact that, after certain nontrivial cancellations, the final result does not depend on the outgoing massless particles. Finally, the expression of this theorem is extended to the case in which incoming gravitational radiation is included in the scattering process. This allows us to resolve another tension present in the literature, the fact that the previously proposed expressions did not respect invariance under time reversal. 2026-01-01T00:00:00Z https://hdl.handle.net/20.500.12008/54637 Título: Influencia de la masa del gluon en estados de tetraquark no relativistas Autor: Bortagaray Biassini, Sofía Resumen: La interacción fuerte es una de las interacciones fundamentales de la naturaleza y es la responsable de mantener a los protones y neutrones unidos dentro del núcleo atómico. La teoría cuántica de campos que describe esta interacción se conoce como Cromodinámica Cuántica (QCD), y postula que algunas de las partículas fundamentales, los quarks y gluones, interactúan fuertemente para formar estados ligados denominados hadrones. A altas energías, se sabe analizar la QCD de forma bien controlada. Sin embargo, a bajas energías, la teoría se vuelve extremadamente compleja y la teoría de perturbaciones presenta inconsistencias con las simulaciones numéricas. El régimen de bajas energías es donde se forman la mayoría de los hadrones que conocemos, como protones y neutrones, y por lo tanto, es de gran importancia para entender el comportamiento de la materia a nivel fundamental. El interés por el estudio de estas escalas de energía ha crecido en la última década, debido a los numerosos descubrimientos experimentales de estados nuevos que no pueden describirse como mesones convencionales, formados por un par quark–antiquark, ni como bariones tradicionales, formados por tres quarks. Entre ellos se destacan los tetraquarks, sistemas formados por cuatro quarks. Para estudiar este tipo de estados exóticos es necesaria una descripción de la interacción fuerte que sea efectiva en el régimen complicado de bajas energías. El objetivo de esta tesis es estudiar el espectro de los tetraquarks, y para eso utilizamos una versión modificada de QCD, conocida como modelo de Curci-Ferrari, que consiste en agregar un término de masa para los gluones. Con esta modificación, se reproduce el comportamiento observado en simulaciones numéricas de QCD y presenta la ventaja de que permite realizar cálculos analíticos usando teoría de perturbaciones en regiones donde la teoría original se vuelve difícil de manejar. A partir del lagrangiano de Curci–Ferrari, y utilizando algunas aproximaciones, es posible derivar un potencial de interacción entre quarks incluso a bajas energías, el cual utilizaremos para estudiar la dinámica en sistemas de cuatro quarks. Para abordar el estudio de los tetraquarks, los modelamos como dos sistemas de dos cuerpos. Consideramos la configuración diquark–antidiquark, donde dos quarks interactúan fuertemente formando un objeto compacto llamado diquark, que a su vez interactúa con el correspondiente antidiquark mediante intercambio de gluones. El análisis se lleva a cabo en el régimen no relativista, limitándonos al estudio de tetraquarks compuestos solamente por quarks pesados como el charm y el bottom. Previo al estudio del espectro de tetraquarks, ajustamos los distintos parámetros del modelo, incluyendo la masa del gluon, mediante la comparación del espectro de mesones compuestos por quarks pesados con los resultados experimentales. En particular, estudiamos el charmonium, el bottomonium y el mesón charm-bottom en la aproximación no relativista usando el potencial de interacción deducido de Curci-Ferrari. Los resultados obtenidos para las masas de tetraquarks son consistentes con otros modelos teóricos de la literatura. Para el caso del tetraquark compuesto únicamente por quarks charm, que es el único confirmado experimentalmente, obtenemos masas comparables a las observaciones experimentales. Estos resultados validan la efectividad del modelo de Curci-Ferrari en el régimen de bajas energías y abren nuevas posibilidades para el estudio de los hadrones exóticos. Además, se estudia el efecto de la masa del gluon sobre las masas de los mesones y los tetraquarks. Cuando se utiliza un modelo simplificado para describir estos hadrones, en el que los parámetros relevantes se consideran independientes para los distintos sectores estudiados, se obtiene una dependencia muy débil con la masa del gluon. Sin embargo, al emplear un modelo más completo, en el que se incluyen parámetros que dependen de la escala de energía de acuerdo con el flujo de renormalización, se observa que la masa del gluon juega un papel muy importante para reproducir adecuadamente las propiedades de los mesones, favoreciendo valores relativamente grandes, del orden de 0.8 GeV.; The strong interaction is one of the fundamental interactions of nature and is responsible for the binding of protons and neutrons within the atomic nucleus. The quantum field theory that describes this interaction is known as Quantum Chromodynamics (QCD), which postulates that some of the fundamental particles, quarks and gluons, interact strongly to form bound states known as hadrons. At high energies, QCD can be analyzed in a well-controlled manner. However, at low energies the theory becomes extremely complex and the perturbation theory presents inconsistencies when compared with numerical simulations. The low-energy regime is where most of the hadrons we observe in nature are formed, such as protons and neutrons, and therefore it is of great importance for understanding the fundamental behaviour of matter. Interest in the study of this energy regime has increased over the past decade due to numerous experimental discoveries of new states that cannot be described as conventional mesons, composed of a quark-antiquark pair, nor as traditional baryons, composed of three quarks. Among these states the tetraquarks stand out, systems formed by four quarks. Studying such exotic states requires an effective description of the strong interaction that remains valid in the complicated low-energy regime. The goal of this thesis is to study the spectrum of tetraquarks. To this end, we employ a modified version of QCD known as the Curci-Ferrari model, which consists of introducing a mass term for the gluons. This modification reproduces the behaviour observed in numerical simulations of QCD and has the advantage of allowing analytical calculations using perturbation theory in regions where the original theory becomes difficult to handle. Starting from the Curci-Ferrari lagrangian and applying a set of approximations, it is possible to derive an interaction potential between quarks even at low energies, which we use to study the dynamics of four-quark systems. To address the study of tetraquarks, we model them as a two-body system. We consider the diquark-antidiquark configuration, in which two quarks interact strongly to form a compact object known as a diquark, which then interacts with the corresponding antidiquark through gluon exchange. The analysis is performed in the non-relativistic regime, restricting ourselves to tetraquarks composed exclusively of heavy quarks, such as charm and bottom. Prior to studying the tetraquark spectrum, we determine the model parameters, including the gluon mass, by comparing the spectra of heavy-quark mesons with experimental results. In particualr, we analyze charmonium, bottomonium and the charm-bottom meson within the non-relativistic approximation using the interaction potential derived from the Curci-Ferrari model. The resulting tetraquarks masses are consistent with those obtained in other theoretical models in the literature. In the case of tetraquarks composed solely of charm quarks, which are the only ones confirmed experimentally, we obtain masses that are comparable to experimental observations. These results validate the effectiveness of the Curci-Ferrari model in the low-energy regime and open new possibilities for the study of exotic hadrons. Moreover, the effect of the gluon mass on the masses of mesons and tetraquarks is studied. When a simplified model is used to describe these hadrons, in which the relevant parameters are assumed to be independent for the different sectors under consideration, a very weak dependence on the gluon mass is obtained. However, when a more complete model is employed, in which parameters that depend on the energy scale according to the renormalization flow are included, it is observed that the gluon mass plays a very important role in adequately reproducing the properties of mesons, favoring relatively large values, of the order of 0.8 GeV. 2026-01-01T00:00:00Z https://hdl.handle.net/20.500.12008/54593 Título: Análisis deformacional y geocronología de la fase dextral de la zona de cizalla Sarandí del Yí en el terreno Piedra Alta Autor: Osta Nessi, Bruno Resumen: La Zona de Cizalla Sarandí del Yí es una de las estructuras principales del basamento precámbrico de Uruguay y de la región, ya que define el límite entre los terrenos Piedra Alta y Nico Pérez. Su evolución tectónica registra al menos dos fases principales de deformación. La fase más antigua, de cinemática dextral, se manifiesta en la flexión del margen oriental del Terreno Piedra Alta, siendo la rotación del Haz de Diques de Florida el principal indicador pasivo de la deformación. Por su parte, la fase de reactivación es sinestral y se asocia al emplazamiento de granitos sincinemáticos. El objetivo de esta tesis es profundizar en el conocimiento de la fase de cizallamiento dextral, cuantificar la deformación asociada y restringir su marco temporal a partir de nuevas edades geocronológicas. El estudio integra el análisis de imágenes aerogeofísicas, datos estructurales de campo y microestructuras de deformación, junto con un análisis de strain mediante el desarrollo de un modelo geométrico-estadístico, y determinaciones U-Pb en circón y K-Ar en muscovita. Los resultados indican que la deformación en el margen flexionado ocurrió a baja temperatura y con relaciones de strain finito bajas a moderadas. La deformación se intensifica hacia el este, pasando de dominios miloníticos discretos y locales, que separan protolitos con texturas primarias preservadas, al desarrollo de una faja angosta de milonitas y ultramilonitas de temperatura moderada en el límite oriental. El modelado geométrico de la deformación es compatible con un régimen subsimple dominado por cizalla simple; sin embargo, el análisis de incertidumbre no permite descartar un régimen sin componente coaxial en gran parte del sector más externo de la zona de cizalla. Las nuevas edades de cristalización y enfriamiento obtenidas, integradas con el conjunto de edades previamente disponibles, confirman el comportamiento frío y cratonizado del Terreno Piedra Alta desde el Paleoproterozoico. Asimismo, permiten restringir el intervalo temporal de la fase sinestral entre ca. 620–590 Ma y proponer un posible registro de la actividad de la fase dextral hacia ca. 650 Ma. En conjunto, estos resultados sitúan la actividad de la Zona de Cizalla Sarandí del Yí dentro del Ciclo Brasiliano y respaldan la hipótesis de que el Terreno Piedra Alta constituye el único terreno que conforma el Cratón Río de la Plata en Uruguay. 2026-01-01T00:00:00Z