Colibri Colección :

SNP Data Quality Control in the Uruguayan Sheep Breeding Program Database

2026-06-05T13:06:18Z

Título: SNP Data Quality Control in the Uruguayan Sheep Breeding Program Database Autor: Carracelas, Beatriz; Ciappesoni, Gabriel; Navajas, Elly Ana; Aguilar, Ignacio Editor: Naya, Hugo Resumen: Genomic data provides enhanced accuracy to sheep genetic evaluations while speeding up genetic improvement and helping fix pedigree errors. Achieving these outcomes requires efficient data pipelines to automate quality control (QC) and optimize genotypic data analysis during routine genetic evaluations. Our pipeline includes three main steps: genotype QC, based on the per sample call rate; parentage verification against reported sires and dams, and animal QC, which detects duplicate entries and possible errors in sex and breed assignment. These QC procedures help detect sample mix-ups that occur because of laboratory or farm errors. This paper describes the design and implementation of the QC pipeline applied to the MGAdbSNP database, with the aim of supporting robust and accurate genomic evaluations in sheep.; La información genómica puede mejorar la precisión de las evaluaciones genéticas en ovinos, lo que acelera la ganancia genética y ayuda a corregir los registros genealógicos. Para lograr estos resultados son necesarios procesos eficientes capaces de automatizar el control de calidad (QC) y optimizar el análisis de datos de genotipado en las evaluaciones de rutina. El flujo de trabajo incluye tres pasos principales: control de calidad de los genotipos, basado en el call rate por muestra; verificación de paternidad contra los padres declarados, y control de calidad de los animales, que detecta duplicados y posibles errores en la asignación de sexo y raza. Estos procedimientos de control de calidad ayudan a detectar muestras mal asignadas debido a errores de campo o de laboratorio. Este artículo describe el diseño y la implementación del flujo de control de calidad aplicado a la base de datos MGAdbSNP, con el objetivo de respaldar evaluaciones genómicas robustas y precisas en ovinos.; A informação genômica pode melhorar a precisão das avaliações genéticas em ovinos, acelerando o ganho genético e ajudando a corrigir os registros genealógicos. Para atingir esses resultados são necessários processos eficientes capazes de automatizar o controle de qualidade (CQ) e otimizar a análise de dados de genotipagem nas avaliações de rotina. O fluxo de trabalho inclui três etapas principais: controle de qualidade dos genótipos, baseado na taxa de chamada por amostra; verificação de paternidade contra os pais declarados; e controle de qualidade animal, que detecta duplicatas e possíveis erros na atribuição de sexo e raça. Esses procedimentos de CQ ajudam a detectar amostras atribuídas incorretamente por causa de erros de campo ou de laboratório. Este artigo descreve o desenho e a implementação do pipeline de controle de qualidade aplicado ao banco de dados MGAdbSNP, com o objetivo de apoiar avaliações genômicas robustas e precisas em ovinos.

Scientiam communicare cupio: Towards 30 Years of Agrociencia Uruguay

2026-06-04T16:47:47Z

Título: Scientiam communicare cupio: Towards 30 Years of Agrociencia Uruguay Autor: Ferrer Baccino, Milka; Dalla-Rizza, Marco

Dipotassium Phosphate Enhances Ethanol Tolerance, Production, and Cell Viability of Saccharomyces cerevisiae in Batch Fermentation

2026-04-24T13:12:49Z

Título: Dipotassium Phosphate Enhances Ethanol Tolerance, Production, and Cell Viability of Saccharomyces cerevisiae in Batch Fermentation Autor: Sánchez-Rosales, Francisco Enrique; Castellanos-Reyes, Katy Marcela; Vásquez, Allen; Herrera, Nelys; Sanabria-Ortega, Hilsy Lourdes; Martinez, Wilson A.; Betancourth, Javier Editor: González-Neves, Gustavo Resumen: This study evaluated ethanol production and cell viability in Saccharomyces cerevisiae cultures under different concentrations of dipotassium phosphate (K₂HPO₄). Batch fermentations were carried out in shake flasks using an orbital thermostatic incubator at 30 °C, with an initial pH of 5.80. The K₂HPO₄ concentration in the culture medium was adjusted to 1.50, 2.70, and 3.20 g L⁻¹. Cultures supplemented with 3.20 g L⁻¹ K₂HPO₄ achieved the highest biomass concentration (12.10 ± 0.30 g L⁻¹). Moreover, ethanol production reached 16% (v/v) under this condition, whereas only 9% (v/v) was obtained at 1.50 g L⁻¹. Regarding volumetric ethanol productivity, a 1.6-fold increase was estimated when the K₂HPO₄ concentration was increased from 1.50 to 3.20 g L⁻¹. Additionally, under the 3.20 g L⁻¹ condition, cell viability remained above 90%, reaching a maximum of 97%, even when ethanol concentration in the broth reached 16% (v/v). In contrast, cell viability decreased by 10% and 7% at 1.50 and 2.70 g L⁻¹, respectively, when ethanol concentrations exceeded 7% (v/v). Overall, the results demonstrated that kinetic parameters such as cell viability, volumetric productivity, and ethanol concentration were positively affected by increasing K₂HPO₄ concentration, supporting its use as a nutritional strategy in the culture medium to enhance ethanol biosynthesis. These findings are particularly relevant as they highlight the potential of K₂HPO₄ as a strategic and economical nutrient to optimize ethanolic fermentations on an industrial scale, contributing to the design of bioprocesses with improvements in metabolic efficiency and prolonged productive capacity throughout the fermentation cycles.; Este estudio evaluó la producción de etanol y la viabilidad celular en cultivos de Saccharomyces cerevisiae bajo diferentes concentraciones de fosfato dipotásico (K₂HPO₄). Las fermentaciones por lote se realizaron en matraces agitados utilizando una incubadora orbital termostático a 30 °C, con un pH inicial de 5,80. La concentración de K₂HPO₄ en el medio de cultivo se ajustó a 1,50, 2,70 y 3,20 g L⁻¹. Los cultivos suplementados con 3,20 g L⁻¹ de K₂HPO₄ alcanzaron la mayor concentración de biomasa (12,10 ± 0,30 g L⁻¹). Además, la producción de etanol alcanzó 16 % (v/v) bajo esta condición, mientras que solo se obtuvo 9 % (v/v) a 1,50 g L⁻¹. En cuanto a la productividad volumétrica de etanol, se estimó un incremento de 1.6 veces al aumentar la concentración de K₂HPO₄ de 1,50 a 3,20 g L⁻¹. Adicionalmente, bajo la condición de 3,20 g L⁻¹, la viabilidad celular se mantuvo por encima de 90 %, alcanzando un máximo de 97 %, incluso cuando la concentración de etanol en el caldo llegó a 16 % (v/v). En contraste, la viabilidad celular disminuyó en 10 % y 7 % a 1,50 y 2,70 g L⁻¹, respectivamente, cuando las concentraciones de etanol superaron 7 % (v/v). En conjunto, los resultados demostraron que parámetros cinéticos como la viabilidad celular, la productividad volumétrica y la concentración de etanol se vieron positivamente afectados por el incremento en la concentración de K₂HPO₄, apoyando su uso como estrategia nutricional en el medio de cultivo para mejorar la biosíntesis de etanol. Estos hallazgos son particularmente relevantes ya que resaltan el potencial del K₂HPO₄ como nutriente estratégico y económico para optimizar fermentaciones etanólicas a escala industrial, contribuyendo al diseño de bioprocesos con mejoras de eficiencia metabólica y capacidad productiva prolongada a lo largo de los ciclos de fermentación.; Este estudo avaliou a produção de etanol e a viabilidade celular em culturas de Saccharomyces cerevisiae sob diferentes concentrações de fosfato dipotássico (K₂HPO₄). As fermentações em batelada foram realizadas em frascos agitados utilizando um incubador orbital termostatizado a 30 °C, com pH inicial de 5,80. A concentração de K₂HPO₄ no meio de cultura foi ajustada para 1,50, 2,70 e 3,20 g L⁻¹. As culturas suplementadas com 3,20 g L⁻¹ de K₂HPO₄ alcançaram a maior concentração de biomassa (12,10 ± 0,30 g L⁻¹). Além disso, a produção de etanol atingiu 16 % (v/v) nessa condição, enquanto apenas 9 % (v/v) foram obtidos a 1,50 g L⁻¹. Quanto à produtividade volumétrica de etanol, estimou-se um aumento de 1,6 vez ao elevar a concentração de K₂HPO₄ de 1,50 para 3,20 g L⁻¹. Adicionalmente, na condição de 3,20 g L⁻¹, a viabilidade celular permaneceu acima de 90 %, alcançando um máximo de 97 %, mesmo quando a concentração de etanol no meio atingiu 16 % (v/v). Em contraste, a viabilidade celular diminuiu 10 % e 7 % nas concentrações de 1,50 e 2,70 g L⁻¹, respectivamente, quando as concentrações de etanol excederam 7 % (v/v). No geral, os resultados demonstraram que parâmetros cinéticos, como viabilidade celular, produtividade volumétrica e concentração de etanol, foram positivamente afetados pelo aumento da concentração de K₂HPO₄, apoiando seu uso como estratégia nutricional no meio de cultura para melhorar a biossíntese de etanol. Essas descobertas são particularmente relevantes, pois destacam o potencial do K₂HPO₄ como um nutriente estratégico e econômico para otimizar as fermentações etanólicas em escala industrial, contribuindo para o desenvolvimento de bioprocessos com melhorias na eficiência metabólica e capacidade produtiva prolongada ao longo dos ciclos de fermentação.

Comparison of Environmental Risk Indices Related to Pesticide Spray Drift in Extensive Agriculture in Uruguay

2026-04-16T17:11:10Z

Título: Comparison of Environmental Risk Indices Related to Pesticide Spray Drift in Extensive Agriculture in Uruguay Autor: Saracho González, Winnona; García Carriquiry, Isabel; Cunha, João Paulo Arantes Rodrigues da; Villalba, Juana Editor: García, Alejandro Resumen: Pesticide spray drift is an off-target pathway in extensive cropping systems that can lead to the exposure of non-target organisms and nearby human populations. This study compared drift-related risk indices for pesticides commonly used in Uruguay using two indicator-based methodologies: POCER (terrestrial organisms and human health) and HAIR (aquatic organisms). Risk indices were calculated using locally derived drift deposition percentages measured at 5, 15, 30, 50, 75, and 100 m downwind under a conservative operational scenario (boom height 120 cm; mean wind speed 20 km h⁻¹) over residue-covered soil. Risk patterns varied according to active ingredient, droplet size, and distance. For bees, chlorpyrifos exceeded the risk threshold (RI ≥ 1) at all distances, while lambda-cyhalothrin exceeded this threshold with fine and medium droplets but not with very coarse droplets. Earthworm risk indices remained below the threshold (RI < 1) at 5 m for all active ingredients. For aquatic organisms, pyraclostrobin and several insecticides exceeded RI ≥ 1 at 15 m, and the use of coarser droplets reduced but did not always eliminate risk. For human health, most substances showed RI < 1 for bystanders and children, whereas paraquat required larger buffer distances under fine and medium droplets. Overall, the results support the use of scenario-based risk indices as comparative tools and suggest that fixed buffer distances may be insufficient for some active ingredients. Product-specific buffer zones and complementary drift mitigation practices should be considered.; La deriva de pulverización de pesticidas constituye una vía relevante de dispersión fuera del blanco en sistemas agrícolas extensivos, pudiendo generar exposición de organismos no objetivo y de poblaciones humanas cercanas. El presente estudio comparó índices de riesgo asociados a la deriva para pesticidas de uso frecuente en Uruguay mediante dos metodologías basadas en indicadores: POCER (organismos terrestres y salud humana) y HAIR (organismos acuáticos). Los índices se calcularon a partir de porcentajes de deposición por deriva obtenidos localmente, medidos a 5, 15, 30, 50, 75 y 100 m a sotavento, bajo un escenario operativo conservador (altura de botalón de 120 cm y velocidad media del viento de 20 km h⁻¹) sobre suelo cubierto con rastrojo. Los resultados mostraron que el riesgo dependió del principio activo, el tamaño de gota y la distancia. En abejas, clorpirifos superó el umbral de riesgo (RI ≥ 1) en todas las distancias evaluadas, mientras que lambda-cihalotrina lo superó con gotas finas y medias. En lombrices, los índices se mantuvieron por debajo del umbral a 5 m. En organismos acuáticos, piraclostrobina y varios insecticidas superaron RI ≥ 1 a 15 m, observándose una reducción del riesgo con gotas más gruesas. En salud humana, la mayoría de las sustancias presentó bajo riesgo, aunque paraquat requirió mayores distancias de amortiguamiento bajo gotas finas y medias. En conjunto, los resultados destacan la utilidad de los índices de riesgo como herramientas comparativas y la necesidad de estrategias de mitigación específicas por producto.; A deriva de pulverização de pesticidas constitui uma via relevante de dispersão fora do alvo em sistemas agrícolas extensivos, podendo resultar na exposição de organismos não alvo e de populações humanas próximas. Este estudo comparou índices de risco associados à deriva para pesticidas amplamente utilizados no Uruguai, utilizando duas metodologias baseadas em indicadores: POCER (organismos terrestres e saúde humana) e HAIR (organismos aquáticos). Os índices foram calculados a partir de percentuais de deposição por deriva obtidos localmente, medidos a 5, 15, 30, 50, 75 e 100 m a sotavento, sob um cenário operacional conservador (altura da barra de pulverização de 120 cm e velocidade média do vento de 20 km h⁻¹) em solo coberto por resíduos culturais. Os resultados indicaram que o risco variou conforme o ingrediente ativo, o tamanho de gota e a distância. Para abelhas, o clorpirifós excedeu o limiar de risco (RI ≥ 1) em todas as distâncias avaliadas, enquanto a lambda-cialotrina o excedeu sob gotas finas e médias. Para minhocas, os índices permaneceram abaixo do limiar a 5 m. Em organismos aquáticos, a piraclostrobina e diversos inseticidas superaram RI ≥ 1 a 15 m, com redução do risco ao utilizar gotas mais grossas. Para a saúde humana, a maioria das substâncias apresentou baixo risco, embora o paraquat tenha exigido maiores distâncias de amortecimento em determinadas condições. De modo geral, os resultados reforçam a utilidade dos índices de risco como ferramentas comparativas e a necessidade de medidas de mitigação específicas por produto.