https://hdl.handle.net/20.500.12008/11 2026-08-21T22:47:25Z 2026-08-21T22:47:25Z Pereiro, Matías https://hdl.handle.net/20.500.12008/56418 2026-08-20T11:52:47Z 2025-01-01T00:00:00Z

Título: Integración de secuenciación masiva al monitoreo de plantas de tratamiento de aguas residuales domésticas para el estudio de comunidades bacterianas y genes de patogenicidad, con enfoque en la interconexión fisicoquímica, bacteriológica y molecular Autor: Pereiro, Matías Resumen: Hoy en día existe un gran desarrollo de herramientas moleculares con potencial aplicación en el monitoreo de comunidades bacterianas basadas en métodos de secuenciación masiva de siguiente generación (NGS). El empleo de estas herramientas en aguas residuales aumentó en los últimos años debido a la importancia de las plantas de tratamiento para la vigilancia epidemiológica (ej. durante la pandemia de SARS-CoV-2). Se conoce que las comunidades microbianas entéricas y ambientales varían durante el tratamiento de las aguas residuales, pero la información sobre su dinámica durante el tratamiento, específicamente la de las comunidades patógenas, es escasa. En Uruguay, aproximadamente el 50% de la población está conectada a sistemas de saneamiento y las plantas de tratamiento que reciben estas aguas tienen diferentes eficiencias de remoción de contaminantes. La tecnología más utilizada en el país por su poder de remoción de contaminantes y desinfección son las plantas de lodos activados con desinfección por radiación Ultravioleta (UV). El objetivo de este trabajo fue conocer la variación de la estructura comunitaria bacteriana y establecer la eficiencia de remoción de patógenos en tres plantas de aguas residuales con tratamiento terciario de lodos activados y desinfección por UV de Uruguay. Para la evaluación de la estructura comunitaria de las plantas se utilizó una aproximación basada en secuenciación de amplicones del gen ribosomal bacteriano ARNr 16S (estudio de la comunidad bacteriana), mientras que para detectar la remoción de genes de patogenicidad se utilizó una secuenciación dirigida a blancos específicos con un panel Ampliseq (presencia de bacterias patógenas). Los resultados obtenidos muestran un funcionamiento similar en todas las plantas evaluadas, ya que las comunidades encontradas en los distintos pasos del tratamiento fueron similares. La estructura comunitaria bacteriana de los afluentes, dominada por bacterias anaerobias de la microbiota intestinal humana, tuvo como filo más representado a Campylobacterota y el género más abundante fue Arcobacter, un género específico del tracto digestivo. Al pasar a los reactores, la comunidad sufrió cambios significativos, siendo Pseudomonadota el filo más abundante y Nitrosomonas el género más representado. En los efluentes se mantiene el filo Pseudomonadota como predominante. Los cauces receptores de los efluentes muestran, tanto aguas arriba como aguas abajo, comunidades diferentes a las presentes en las plantas de tratamiento, con bacterias específicas de cuerpos de agua. Luego del vertido de los efluentes en los cauces receptores, se observa un aumento de la diversidad bacteriana, con un ingreso de grupos provenientes de las plantas. En los cauces, aguas arriba del efluente, el filo más representado fue Bacteroidota, mientras que aguas abajo fue el filo Pseudomonadota. Una vez caracterizadas las comunidades bacterianas de las plantas, se buscó la presencia de aquellos géneros conocidos como patogénicos. Para ello, se utilizó la aproximación de AmpliSeq, que permite evaluar a estas comunidades con alta especificidad y resolución a través de la detección de genes involucrados en la virulencia. Los datos obtenidos revelaron ausencia de genes de virulencia pertenecientes a las bacterias indicadoras buscadas. En conclusión, determinamos que las comunidades microbianas presentes en las plantas de tratamiento de aguas residuales sufren cambios en su estructura a medida que los procesos de las plantas se desarrollan. En los afluentes observamos que existe una alta dominancia de un género de bacterias posibles patógenas emergentes no cultivables del género Arcobacter. De los efluentes podemos sugerir que su vertido en los cauces genera un impacto en la comunidad bacteriana de los mismos. La búsqueda de patógenos con el gen de ARNr 16S mostró baja cantidad de géneros con posibilidad de patogenicidad y la estrategia del panel de Ampliseq estudiadas no encontró ningún gen patogénico asociado para las muestras estudiadas. El poder de resolución de las herramientas moleculares permite diferenciar con mayor certeza el potencial peligro asociado a las muestras de aguas residuales. Esto, a su vez, permite mejorar su manejo. Un monitoreo rutinario de plantas de tratamiento puede ayudar a evaluar con mayor profundidad la peligrosidad de los efluentes.

2025-01-01T00:00:00Z Añasco Podchibiakin, Agustina https://hdl.handle.net/20.500.12008/56417 2026-08-20T11:52:27Z 2026-01-01T00:00:00Z

Título: Análisis espacio-temporal de las redes de transmisión del subtipo B de VIH-1 en Uruguay Autor: Añasco Podchibiakin, Agustina Resumen: El subtipo B del VIH-1 (VIH-1B) es el linaje mejor caracterizado de la pandemia de VIH. En las Américas, VIH-1B constituye la variante genética predominante y se encuentra representado por dos grupos genéticamente diferenciados: el clado pandémico (BPAN), responsable de la mayoría de las infecciones, y los clados caribeños parafiléticos (BCAR). En Uruguay, el subtipo B representa el 39,4% de los casos de VIH; sin embargo, la contribución relativa y la dinámica espacio-temporal de los clados pandémicos y no pandémicos permanecen insuficientemente caracterizadas. En este trabajo se analizaron un total de 491 secuencias del gen pol de VIH-1B y sus metadatos asociados, obtenidos a partir de la vigilancia nacional en Uruguay entre 2007 y 2021. Los análisis filogenéticos permitieron identificar secuencias pertenecientes a los clados BPAN y BCAR, así como reconstruir eventos de introducción y dispersión viral. El análisis filogeográfico se realizó mediante reconstrucción de estados ancestrales. La dinámica poblacional y epidemiológica de los principales clados uruguayos BPAN fue evaluada mediante los modelos Bayesian Skygrid y Birth–Death Skyline. Los resultados evidenciaron que la epidemia uruguaya de VIH-1B estuvo dominada por el clado BPAN (96,3%), con una contribución minoritaria de los clados BCAR (3,7%). Se identificaron 277 introducciones independientes de BPAN a Uruguay, cerca del 80% de ellas provenientes de Brasil. Dos grandes linajes específicos de Uruguay (BPAN–UY–I y BPAN–UY–II), emergidos entre mediados y finales de la década de 1980, representaron una proporción importante de las infecciones locales. Los análisis filodinámicos indicaron un crecimiento epidémico sostenido de BPAN–UY–I y BPAN–UY–II hasta aproximadamente 2005, seguido de una estabilización parcial (2005–2015) y una posterior disminución de la transmisión en los años más recientes. Cerca de la mitad de los eventos de transmisión inferidos para BPAN–UY–I y BPAN–UY–II ocurrieron dentro de los primeros dos años posteriores a la infección primaria. En conjunto, los resultados indican que la epidemia uruguaya de VIH-1B se caracteriza por frecuentes introducciones, pero con un establecimiento limitado de linajes, donde la expansión epidémica fue impulsada por un pequeño número de linajes pandémicos específicos del país. Los patrones filodinámicos indican una epidemia madura en transición desde una fase de expansión hacia una estabilización, seguida por una reciente disminución en la transmisión. La concentración de eventos de transmisión durante la infección temprana y la fuerte conectividad transfronteriza resaltan la necesidad de diagnóstico precoz y vigilancia molecular sostenida para interrumpir las redes activas de transmisión.

2026-01-01T00:00:00Z Vidal, Bernabé https://hdl.handle.net/20.500.12008/56411 2026-08-19T17:52:21Z 2026-01-01T00:00:00Z

Título: Situación y perspectivas de las enfermedades infecciosas emergentes y reemergentes a nivel regional (Sudamérica-Sudeste), bajo los enfoques Planetary Health y One Health Autor: Vidal, Bernabé Resumen: Las enfermedades infecciosas emergentes y reemergentes constituyen una amenaza creciente para la salud pública en un contexto de cambio climático, degradación ambiental, intensificación productiva y desigualdades sociales. Estos procesos modifican de forma no lineal las interacciones entre hospedadores, patógenos, vectores y ambientes, favoreciendo la expansión y persistencia de zoonosis. En este marco, los brotes no son eventos azarosos, sino expresiones previsibles de sistemas socioecológicos vulnerables. El objetivo de esta tesis fue analizar la investigación, ocurrencia y gobernanza de las enfermedades infecciosas emergentes y reemergentes en Uruguay y el sudeste de Sudamérica desde los marcos One Health, Planetary Health y One Welfare (Una Salud, Salud Planetaria y Un Bienestar). Se realizó una revisión sistemática y un análisis estadístico de la literatura publicada entre 2013 y 2024, identificándose 446 documentos, lo que permitió caracterizar patrones de investigación, vacíos de conocimiento y principales escenarios de riesgo regionales. Paralelamente, se efectuó un análisis crítico de los reportes oficiales de enfermedades animales entre 2016 y 2023, que evidenció una expresión heterogénea y estacional del riesgo, junto con inconsistencias y subregistro entre sistemas nacionales e internacionales que limitan la vigilancia temprana. Se incorporaron análisis climáticos aplicados a enfermedades emblemáticas como leptospirosis y ántrax, demostrando que sus brotes responden a pulsos hidroclimáticos específicos y pueden anticiparse mediante modelos operativos basados en variables ambientales simples. La integración de percepción social, violencia, conflictos humano–fauna y especies centinela mostró que la fragmentación institucional, la degradación ambiental y las fallas de bienestar animal actúan como amplificadores sistémicos del riesgo zoonótico. En conjunto, los resultados indican que la gestión enfermedad por enfermedad es insuficiente y que la prevención efectiva requiere gobernanza integrada, datos de calidad y vigilancia humano–animal–ambiente. El trabajo generó múltiples productos científicos, incluyendo publicaciones internacionales y presentaciones en congresos especializados.; Emerging and re-emerging infectious diseases represent an increasing public health threat under climate change, environmental degradation, productive intensification, and persistent social inequalities. These pressures reshape host–pathogen–vector–environment interactions, promoting the expansion and persistence of zoonoses. In this context, outbreaks are not random events but predictable outcomes of vulnerable socioecological systems. This thesis analysed research trends, disease occurrence, and governance of emerging and re-emerging infectious diseases in Uruguay and southeastern South America using One Health, Planetary Health, and One Welfare frameworks. A systematic review and statistical analysis of literature published between 2013 and 2024 identified 446 relevant documents, allowing the characterization of research patterns, knowledge gaps, and regional risk scenarios. A critical analysis of official animal disease reports (2016–2023) revealed heterogeneous and seasonal risk patterns, as well as inconsistencies and underreporting between national and international notifications that weaken early warning capacity. Applied climatic analyses of key diseases, such as leptospirosis and anthrax, showed that outbreaks respond to specific hydroclimatic pulses and can be anticipated using operational models based on simple environmental variables. By integrating social risk perception, multispecies violence, human–wildlife conflict, and sentinel species, the study demonstrates that institutional fragmentation, weakened animal welfare governance, and environmental degradation act as systemic amplifiers of zoonotic risk. Overall, the findings indicate that disease-by-disease management is insufficient and that effective prevention requires integrated governance, high-quality data, and continuous human–animal–environment surveillance. The research generated multiple international publications and presentations at specialized scientific conferences.

2026-01-01T00:00:00Z Pérez Nicoli, Andrea https://hdl.handle.net/20.500.12008/56392 2026-08-18T13:59:21Z 2026-01-01T00:00:00Z

Título: Transitividad, minimalidad y sensibilidad en dinámica topológica y acciones de semigrupos Autor: Pérez Nicoli, Andrea Resumen: Esta tesis estudia las relaciones entre transitividad, minimalidad y sensibilidad a las condiciones iniciales en sistemas dinámicos definidos sobre espacios métricos. Se analizan distintas nociones de transitividad, la transitividad puntual, la transitividad topológica y la densidad de puntos transitivos, estableciendo condiciones bajo las cuales resultan equivalentes. Se presentan demostraciones detalladas de resultados clásicos y una colección de ejemplos que muestran que las equivalencias entre estas nociones pueden fallar cuando no se satisfacen hipótesis como la completitud, la ausencia de puntos aislados o la continuidad. Descripción: Tribunal: Jorge Iglesias, Jorge Groisman y Álvaro Rovella

2026-01-01T00:00:00Z