Garbage in, garbage out: how reliable training data improved a virtual screening approach against SARS-CoV-2 MPro

Ruatta, Santiago M.; Prada Gori, Denis N.; Fló Díaz, Martín; Lorenzelli, Franca; Perelmuter, Karen; Alberca, Lucas N.; Bellera, Carolina L.; Medeiros, Andrea; López, Gloria V.; Ingold, Mariana; Porcal, Williams; Dibello, Estefanía; Ihnatenko, Irina; Kunick, Conrad; Incerti, Marcelo; Luzardo, Martín; Colobbio, Maximiliano; Ramos, Juan Carlos; Manta, Eduardo; Minini, Lucía; Lavaggi, María Laura; Hernández, Paola; Šarlauskas, Jonas; Huerta García, César Sebastián; Castillo, Rafael; Hernández-Campos, Alicia; Ribaudo, Giovanni; Zagotto, Giuseppe; Carlucci, Renzo; Medrán, Noelia S.; Labadie, Guillermo R.; Martinez-Amezaga, Maitena; Delpiccolo, Carina M. L.; Mata, Ernesto G.; Scarone, Laura; Posada, Laura; Serra, Gloria; Calogeropoulou, Theodora; Prousis, Kyriakos; Detsi, Anastasia; Cabrera, Mauricio; Álvarez, Guzmán; Aicardo, Adrián; Araújo, Verena; Chavarría, Cecilia; Peterlin Mašič, Lucija; Gantner, Melisa E.; Llanos, Manuel A.; Rodríguez, Santiago; Gavernet, Luciana; Park, Soonju; Heo, Jinyeong; Lee, Honggun; Paul Park, Kyu-Ho; Bollati-Fogolín, Mariela; Pritsch, Otto; Shum, David; Talevi, Alan; Comini, Marcelo A.

doi:10.3389/fphar.2023.1193282

Metadato	Etiqueta	Valor	Idioma
dc.contributor.author	Autor	Ruatta, Santiago M.	-
dc.contributor.author	Autor	Prada Gori, Denis N.	-
dc.contributor.author	Autor	Fló Díaz, Martín	-
dc.contributor.author	Autor	Lorenzelli, Franca	-
dc.contributor.author	Autor	Perelmuter, Karen	-
dc.contributor.author	Autor	Alberca, Lucas N.	-
dc.contributor.author	Autor	Bellera, Carolina L.	-
dc.contributor.author	Autor	Medeiros, Andrea	-
dc.contributor.author	Autor	López, Gloria V.	-
dc.contributor.author	Autor	Ingold, Mariana	-
dc.contributor.author	Autor	Porcal, Williams	-
dc.contributor.author	Autor	Dibello, Estefanía	-
dc.contributor.author	Autor	Ihnatenko, Irina	-
dc.contributor.author	Autor	Kunick, Conrad	-
dc.contributor.author	Autor	Incerti, Marcelo	-
dc.contributor.author	Autor	Luzardo, Martín	-
dc.contributor.author	Autor	Colobbio, Maximiliano	-
dc.contributor.author	Autor	Ramos, Juan Carlos	-
dc.contributor.author	Autor	Manta, Eduardo	-
dc.contributor.author	Autor	Minini, Lucía	-
dc.contributor.author	Autor	Lavaggi, María Laura	-
dc.contributor.author	Autor	Hernández, Paola	-
dc.contributor.author	Autor	Šarlauskas, Jonas	-
dc.contributor.author	Autor	Huerta García, César Sebastián	-
dc.contributor.author	Autor	Castillo, Rafael	-
dc.contributor.author	Autor	Hernández-Campos, Alicia	-
dc.contributor.author	Autor	Ribaudo, Giovanni	-
dc.contributor.author	Autor	Zagotto, Giuseppe	-
dc.contributor.author	Autor	Carlucci, Renzo	-
dc.contributor.author	Autor	Medrán, Noelia S.	-
dc.contributor.author	Autor	Labadie, Guillermo R.	-
dc.contributor.author	Autor	Martinez-Amezaga, Maitena	-
dc.contributor.author	Autor	Delpiccolo, Carina M. L.	-
dc.contributor.author	Autor	Mata, Ernesto G.	-
dc.contributor.author	Autor	Scarone, Laura	-
dc.contributor.author	Autor	Posada, Laura	-
dc.contributor.author	Autor	Serra, Gloria	-
dc.contributor.author	Autor	Calogeropoulou, Theodora	-
dc.contributor.author	Autor	Prousis, Kyriakos	-
dc.contributor.author	Autor	Detsi, Anastasia	-
dc.contributor.author	Autor	Cabrera, Mauricio	-
dc.contributor.author	Autor	Álvarez, Guzmán	-
dc.contributor.author	Autor	Aicardo, Adrián	-
dc.contributor.author	Autor	Araújo, Verena	-
dc.contributor.author	Autor	Chavarría, Cecilia	-
dc.contributor.author	Autor	Peterlin Mašič, Lucija	-
dc.contributor.author	Autor	Gantner, Melisa E.	-
dc.contributor.author	Autor	Llanos, Manuel A.	-
dc.contributor.author	Autor	Rodríguez, Santiago	-
dc.contributor.author	Autor	Gavernet, Luciana	-
dc.contributor.author	Autor	Park, Soonju	-
dc.contributor.author	Autor	Heo, Jinyeong	-
dc.contributor.author	Autor	Lee, Honggun	-
dc.contributor.author	Autor	Paul Park, Kyu-Ho	-
dc.contributor.author	Autor	Bollati-Fogolín, Mariela	-
dc.contributor.author	Autor	Pritsch, Otto	-
dc.contributor.author	Autor	Shum, David	-
dc.contributor.author	Autor	Talevi, Alan	-
dc.contributor.author	Autor	Comini, Marcelo A.	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Ruatta Santiago M., Institut Pasteur de Montevideo (Uruguay)	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Prada Gori Denis N., Universidad Nacional de La Plata (Argentina). Facultad de Ciencias Exactas	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Fló Díaz Martín, Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Medicina. Departamento de Inmunobiología	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Lorenzelli Franca, Institut Pasteur de Montevideo (Uruguay)	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Perelmuter Karen, Institut Pasteur de Montevideo (Uruguay)	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Alberca Lucas N., Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (Argentina)	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Bellera Carolina L., Universidad Nacional de La Plata (Argentina). Facultad de Ciencias Exactas	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Medeiros Andrea, Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Medicina. Departamento de Bioquímica	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	López Gloria V., Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Química. Departamento de Química Orgánica	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Ingold Mariana, Institut Pasteur de Montevideo (Uruguay)	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Porcal Williams, Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Química. Departamento de Química Orgánica	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Dibello Estefanía, Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Química. Departamento de Química Orgánica	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Ihnatenko Irina, Technische Universität Braunschweig (Alemania). Institute of Medicinal and Pharmaceutical Chemistry	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Kunick Conrad, Technische Universität Braunschweig (Alemania). Institute of Medicinal and Pharmaceutical Chemistry	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Incerti Marcelo, Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Química. Departamento de Química Orgánica	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Luzardo Martín, Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Química. Departamento de Química Orgánica	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Colobbio Maximiliano, Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Química. Laboratorio de Química Fina	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Ramos Juan Carlos, Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Química. Laboratorio de Química Fina	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Manta Eduardo, Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Química. Laboratorio de Química Fina	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Minini Lucía, Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Química. Departamento de Química Orgánica	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Lavaggi María Laura, Universidad de la República. Centro Universitario Regional Noreste. Laboratorio de Química Biológica Ambiental	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Hernández Paola, Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable (Uruguay). Departamento de Genética	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Šarlauskas Jonas, Vilnius University (Lituania). Institute of Biochemistry	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Huerta García César Sebastián, Universidad Nacional Autónoma de México (México). Facultad de Química. Departamento de Farmacia	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Castillo Rafael, Universidad Nacional Autónoma de México (México). Facultad de Química. Departamento de Farmacia	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Hernández-Campos Alicia, Universidad Nacional Autónoma de México (México). Facultad de Química. Departamento de Farmacia	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Ribaudo Giovanni, University of Brescia (Italia). Department of Molecular and Translational Medicine	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Zagotto Giuseppe, University of Padova (Italia). Department of Pharmaceutical and Pharmacological Sciences	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Carlucci Renzo, Universidad Nacional de Rosario (Argentina). Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Medrán Noelia S., Universidad Nacional de Rosario (Argentina). Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Labadie Guillermo R., Universidad Nacional de Rosario (Argentina). Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Martinez-Amezaga Maitena, Universidad Nacional de Rosario (Argentina). Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Delpiccolo Carina M. L., Universidad Nacional de Rosario (Argentina). Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Mata Ernesto G., Universidad Nacional de Rosario (Argentina). Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Scarone Laura, Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Química. Departamento de Química Orgánica	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Posada Laura, Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Química. Departamento de Química Orgánica	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Serra Gloria, Universidad de la República (Uruguay). Facultad de Química. Departamento de Química Orgánica	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Calogeropoulou Theodora, National Hellenic Research Foundation (Grecia). Institute of Chemical Biology	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Prousis Kyriakos, National Hellenic Research Foundation (Grecia). Institute of Chemical Biology	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Detsi Anastasia, National Technical University of Athens (Grecia). School of Chemical Engineering	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Cabrera Mauricio, Universidad de la República (Uruguay). CENUR Litoral Norte. Departamento de Ciencias Biológicas	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Álvarez Guzmán, Universidad de la República (Uruguay). CENUR Litoral Norte. Departamento de Ciencias Biológicas	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Aicardo Adrián, Universidad de la República (Uruguay). Centro de Investigaciones Biomédicas	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Araújo Verena, Universidad de la República (Uruguay). Escuela de Nutrición	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Chavarría Cecilia, Universidad de la República (Uruguay). Centro de Investigaciones Biomédicas	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Peterlin Mašič Lucija, Universidad de Liubliana (Eslovenia). Facultad de Farmacia	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Gantner Melisa E., Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (Argentina)	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Llanos Manuel A., Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (Argentina)	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Rodríguez Santiago, Universidad Nacional de La Plata (Argentina). Facultad de Ciencias Exactas	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Gavernet Luciana, Universidad Nacional de La Plata (Argentina). Facultad de Ciencias Exactas	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Park Soonju, Institut Pasteur Korea (Corea). Screening Discovery Platform	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Heo Jinyeong, Institut Pasteur Korea (Corea). Screening Discovery Platform	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Lee Honggun, Institut Pasteur Korea (Corea). Screening Discovery Platform	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Paul Park Kyu-Ho, Institut Pasteur Korea (Corea). Screening Discovery Platform	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Bollati-Fogolín Mariela, Institut Pasteur de Montevideo (Uruguay)	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Pritsch Otto, Universidad de la República (Uruguay). Departamento de Inmunobiología	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Shum David, Institut Pasteur Korea (Corea). Screening Discovery Platform	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Talevi Alan, Universidad Nacional de La Plata (Argentina). Facultad de Ciencias Exactas	-
dc.contributor.filiacion	Filiación	Comini Marcelo A., Institut Pasteur de Montevideo (Uruguay)	-
dc.date.accessioned	Fecha ingreso	2026-03-19T15:38:31Z	-
dc.date.available	Fecha disponible	2026-03-19T15:38:31Z	-
dc.date.issued	Año de publicación	2023	-
dc.description.abstract	Resumen	Introduction: The identification of chemical compounds that interfere with SARS-CoV-2 replication continues to be a priority in several academic and pharmaceutical laboratories. Computational tools and approaches have the power to integrate, process and analyze multiple data in a short time. However, these initiatives may yield unrealistic results if the applied models are not inferred from reliable data and the resulting predictions are not confirmed by experimental evidence. Methods: We undertook a drug discovery campaign against the essential major protease (MPro) from SARS-CoV-2, which relied on an in silico search strategy -performed in a large and diverse chemolibrary- complemented by experimental validation. The computational method comprises a recently reported ligand-based approach developed upon refinement/learning cycles, and structure-based approximations. Search models were applied to both retrospective (in silico) and prospective (experimentally confirmed) screening. Results: The first generation of ligand-based models were fed by data, which to a great extent, had not been published in peer-reviewed articles. The first screening campaign performed with 188 compounds (46 in silico hits and 100 analogues, and 40 unrelated compounds: flavonols and pyrazoles) yielded three hits against MPro (IC50 ≤ 25 μM): two analogues of in silico hits (one glycoside and one benzo-thiazol) and one flavonol. A second generation of ligand-based models was developed based on this negative information and newly published peer-reviewed data for MPro inhibitors. This led to 43 new hit candidates belonging to different chemical families. From 45 compounds (28 in silico hits and 17 related analogues) tested in the second screening campaign, eight inhibited MPro with IC50 = 0.12-20 μM and five of them also impaired the proliferation of SARS-CoV-2 in Vero cells (EC50 7-45 μM). Discussion: Our study provides an example of a virtuous loop between computational and experimental approaches applied to target-focused drug discovery against a major and global pathogen, reaffirming the well-known "garbage in, garbage out" machine learning principle.	es
dc.format.extent	Extensión	23 p.	es
dc.format.mimetype	Formato	application/pdf	es
dc.identifier.citation	Citación	Ruatta S, Prada Gori D, Fló Díaz M y otros. Garbage in, garbage out: how reliable training data improved a virtual screening approach against SARS-CoV-2 MPro. Frontiers in Pharmacology [en línea]. 2023;14. 23 p.	es
dc.identifier.doi	DOI	10.3389/fphar.2023.1193282	-
dc.identifier.eissn	e-ISSN	1663-9812	-
dc.identifier.uri	URI	https://hdl.handle.net/20.500.12008/53985	-
dc.language.iso	Idioma	en	es
dc.publisher	Editorial	Frontiers Media	es
dc.relation.ispartof	EN	Frontiers in Pharmacology, 2023;14	es
dc.rights	Derechos	Las obras depositadas en el Repositorio se rigen por la Ordenanza de los Derechos de la Propiedad Intelectual de la Universidad de la República.(Res. Nº 91 de C.D.C. de 8/III/1994 – D.O. 7/IV/1994) y por la Ordenanza del Repositorio Abierto de la Universidad de la República (Res. Nº 16 de C.D.C. de 07/10/2014)	es
dc.rights.licence	Licencia	Licencia Creative Commons Atribución (CC - By 4.0)	es
dc.subject	Palabras clave	COVID-19	es
dc.subject	Palabras clave	Artificial intelligence	es
dc.subject	Palabras clave	Coronavirus	es
dc.subject	Palabras clave	Drug discovery	es
dc.subject	Palabras clave	In silico screening	es
dc.subject	Palabras clave	Protease	es
dc.subject	Palabras clave	Rubbish in rubbish out	es
dc.subject	Palabras clave	Target-based	es
dc.subject.other	Descriptores	INTELIGENCIA ARTIFICIAL	es
dc.subject.other	Descriptores	CORONAVIRUS	es
dc.subject.other	Descriptores	DESCUBRIMIENTO DE DROGAS	es
dc.subject.other	Descriptores	TAMIZAJE MASIVO	es
dc.subject.other	Descriptores	PÉPTIDO HIDROLASAS	es
dc.subject.other	Descriptores	EXPECTATIVAS DE RESULTADOS	es
dc.title	Título	Garbage in, garbage out: how reliable training data improved a virtual screening approach against SARS-CoV-2 MPro	es
dc.type	Tipo de documento	Artículo	es

Colecciones:

Publicaciones Académicas y Científicas

Ficheros	Descripción	Tamaño	Formato
Garbage in, garbage out.pdf	Garbage in, garbage out	38.28 MB	Adobe PDF

Atrás